Thèses en cours

 2024

• AFFHOLDER Antoine - "Multifonctionnalité de la transparence chez les papillons". Encadrant(e)s ELIAS Marianne, ISYEB ; Christine Andraud (CRC) ; Doris Gomez (CEFE) & Thierry Ondarçuhu (IMFT).

• ANCHENG Peng : "Phylogénie des polynéoptères". Encadrant André Nel, ISYEB.

• AYOUB Nainia - "Extraction automatique d'informations à partir de la littérature taxonomique par l'intelligence artificielle". Encadrante Régine Vignes Lebbe, ISYEB & Hajar Mousannif

• ARACHELOFF Camille - "Adaptation et biophysique du vol chez les libellules (Insecta Odonatoptera) : contexte évolutif et fonctionnel, base d'une paléo-inspiration". Encadrant Romain Garrouste, ISYEB. (Soutenance de thèse prévue le 10 Octobre 2024)

• AYMERIE dit EYMERIC Aurore - "Usages des données d’exploration de la biodiversité marine des milieux profonds" Encadrantes  Anouk Barberousse (UMR 8011 Sciences Normes Démocratie) & Sarah Samadi, ISYEB.

• BAUDRIN Gaspard - "Génomique et écologie de la spéciation d’un migrateur transsaharien". Encadrant Bertrand Bed'hom & Jérôme Fuchs,  ISYEB.

• BERGER Juliette - "Socialité et convergence évolutive : apport des données écomorphologiques et transcriptomiques chez les blattes". Encadrants Frédéric Legendre & Philippe Grandcolas, ISYEB.

• BERTRAND Constance - "Dynamiques et rôle des microbiomes dans la réponse adaptative des plantes endémiques des Kerguelen au changement climatique - MICROKE" Encadrant(e)s Roland Marmeisse, ISYEB  & Françoise BINET, ECOBIO de Rennes 1.

• BIGNON Barbara - "Éclairages mutuels de l'éthologie et de la physique sur l'enfouissement d'insectes dans un milieu granulaire" Encadrants Frédéric Legendre, ISYEB & Baptiste Darbois-Texier.

• BODERAU Mahieu : "Macro-évolution des insectes hétéroptères et estimation de la durée de vie d'une espèce" Encadrant(e)s André Nel, Valérie Ngo-Muller & Romain Garrouste ISYEB.

• BONNEFOUS Hugo - "Etude de l'évolution des interactions moléculaires chez   les eucaryotes par des méthodes de comparaison de réseaux dans le but d'identifier des processus ancestraux partagés associés au vieillissement", Encadrant Eric Bapteste, ISYEB  & François-Joseph Lapointe, Université de Montréal.

• BOUINIER Titouan - " Evolution des niches temporelles chez les papillons du genre Morpho. Encadrante Violaine Llaurens, ISYEB.

• BOROWIECKA Angelika - "Mycobacterium tuberculosis, paysage adaptatif et succès épidémique " Encadrant Thierry Wirth, ISYEB.

• BRISSET Olivier - "Genetic and phenotypic impacts of multiple-sources reintroduction for the plant Arenaria grandiflora in the Fontainebleau forest"" Encadrant(e)s Nathalie Machon, Paul Verdu & Stefano Mona, ISYEB.

• CHAVANIS Théo : "Thermorégulation et adaptation aux variations climatiques chez les papillons de montagnes." Encadrantes Marianne Elias ISYEB et Anne Michelin (CRC)

• COSTES Pauline : Ethologie morpho-fonctionnelle de la trompe des éléphants : de la biologie vers la robotique" Co-encadrant(e(s Emmanuelle Pouydebat, MECADEV & Raphäel Cornette ISYEB.

• CURAUDEAU Manon - "Une approche pluridisciplinaire pour identifier le(s)réservoir(s) animal(aux) du virus du Monkeypox en Afrique" Encadrants Antoine Gessain, équipe Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes à l'Institut Pasteur & Alexandre Hassanin, ISYEB.

• DEJONGHE Quentin - "Biodiversité de biogéographie des Anthocérotes d'Afrique, taxon clé pour comprendre l'évolution des plantes terrestres". Encadrant(e)s Roland Marmeisse & Catherine Reeb, ISYEB.

• DABIR-MOGADAM Diane - "Phylogeny and chemical communication in Cyclocephalini beetles" Encadrants Romain Nattier et Tony Robillard, ISYEB.

• DELOCHE Lara : "Les Neottia chlorophylliennes, chainons manquants entre l’autotrophie et la mixotrophie chez les Orchidées ?" Encadrants Marc-André Selosse, ISYEB & Etienne Delannoy.

• DETTLING Valentin - "Plastic pollution: from the use of the collections of the Muséum National d'Histoire Naturelle to field sampling to understand its consequences on marine ecosystems of New Caledonia" Encadrant(e)s Jean-Baptiste Fini (UMR7221 PHYMA) & Sarah Samadi, ISYEB.

• DOCOT Rudolph Valentino  - "Systématique et Biogéographie du genre Alpinia (Zingiberaceae)" Encadrants Thomas Haevermans, ISYEB & Axel Poulsen,  RBG Edinburgh, Ecosse.

• DOMINO Sélène - "La biologie va-t-elle vers un pluralisme ontologique ?", co-encadrement Guillaume Lecointre, ISYEB et Francesca Merlin,  IHPST.

• DUBS Lucas - "Network analyses of the dynamics of microbial associations in ageing hosts to characterize the principles of organization of the ageing host-microbiome collective with novel topological explanations" Encadrants : E. Bapteste &  P. Lopez

• DUCANCEL Joshua - "Evolution de la dispersionf. Importance de l’hétérogénéité spatiale dans le maintien d’un polymorphisme de dispersion" encadrant(e)s Claudie Doums,  Stefano Mona, ISYEB & Thibaud Monnin (IEES).

• DUROCHER Marine - "Histoire biologique et culturelle de deux rongeurs emblématiques des Petites Antilles : approches bioarchéologiques". Encadrant(e)s  Sandrine Grouard, UMR Archéozoologie et archéobotanique ; Allowen Evin, Institut des Sciences de l’Evolution de Montpellier ISEM & Violaine Nicolas-Colin, ISYEB.

• DUPILLIER Raphaël - "Evolution du vol battu et de l'iridescence chez les papillons Morphos " Encadrant(e)s Vincent Debat , ISYEB & Violaine Llaurens.

• DWIVEDI Nisha - "Utilisation de séries génomiques temporelles pour étudier la susceptibilité à l'extinction" Encadrant Ben Warren, ISYEB

• FOUERE-KLEIN  Nathan -"Caractérisation des aspects scientifiques et productifs d’une agriculture d’intérieur durable en base lunaire habitée pour soutenir la vie des astronautes" Encadrant(e) Florian Jabbour & Eugénie Carnero Diaz ISYEB

• GRINFEDER Elie - "Psycho-acoustique et écoécoustique" f. Encadrants Jérôme Sueur, ISYEB & Christian Lorenzi, ENS Paris.

• GUILBAUD Marine - "Effet de l’arsenic (As), du fer (Fe) et des micro-nanoplastiques (MNPs) sur la croissance de plusieurs morphotypes de Sargasses aux Antilles." Encadrant(e)s Magalie BAUDRIMONT, & Pierre-Yves Pascal, ISYEB.

• HE Shilin- "Molecular phylogenomics and biogeography of the crickets Eurepini (Orthoptera: Gryllidae: Eneopterinae)". Encadrants Tony Robillard & Ben Warren, ISYEB.

• HEDERLÉ Rachel - "Approches taxonomiques et suivi de la faune marine mobile par l’étude de l'ADN environnemental : De la biodiversité marine à l’appui aux politiques publiques" Encadrant(e)s J.L. Jung & V. Ung , ISYEB.

• KLEIN Estelle - "Understanding the relation between morpho-functional patterns and burrowing performance in moles : a bio-inspired approach" Encadrant Raphaël Cornette, ISYEB, Damien Chablat & Mathieu Porez

• KOCH Léa - "Evolution des dispersions natale et adulte : héritabilité et sélection naturelle chez un organisme ectotherme" Encadrant(e)s Pierre de Villemereuil, Claudie Doums, ISYEB & Jean-François le Galliard.

• LAYMAND Emile - " Rôle des FUNGI marins en milieu côtier dans le contexte du changement global". Co-encadrant(e)s Fabien Joux, UMR 7621 & Lucie Bittner, ISYEB.

• LE CESNE Maxime - "Moteurs possibles de la cavernicolie chez les Fulgoromorphes : le modèle des Cixiidae (Hemiptera Fulgoromorpha)". Encadrants Thierry Bourgoin, ISYEB & Pr Yalin Zhang, Université de Yangling (Northwestern Agricultural University, Yangling, Shaanxi, China)

• LE GOUELLEC Maël - "Histoire évolutive de la baleine à bosse (Megaptera novaeangliae) dans l'hémisphère Sud : apport des données de séquençage du génome entier".
  Co-encadrement entre Stefano Mona et Jean-Luc Jung.

• LEDAMOISEL Joséphine - "Des propriétés optiques à l'écologie: quelles sont les forces évolutives impliquées dans la diversification de l'iridescence des ailes chez les papillons du genre Morpho ? " Encadrant(e)s Violaine Llaurens & Vincent Debat,  ISYEB.

• LESTURGIE Pierre - "Du gène à l'écosystème: passé, présent et futur de la diversité dans les récifs coralliens". Encadrant(e)s Stefano Mona & Manuela Lopez-Villavicencio, ISYEB.

• MARTINEZ SOARES Pablo - "Evolution des crinoïdes (echinodermata : crinoidea) post-palézoïques, consilience des approches morphologiques, ontogéniques et moléculaires". Encadrant(e)s Nadia Ameziane & Marc Eleaume, ISYEB.

• MARIDAKIS Clio - "Dynamique de diversification des corallines pour mieux étudier leur sensibilité au changement climatique". Encadrantes Line Le Gall & Florence Rousseau, ISYEB.

• MERAIHI Fabio - "Etude des effets de l'environnement spatial sur le développement des plantes : action combinée des rayonnements cosmiques et de la micropesanteur." Encadrant(e)s Florian Jabbour &  Eugénie Carnero Diaz
  
   
• MICHAUD Félix - "AI for biodiversity monitoring: data-driven ecoacoustics to explain spatio-temporal dynamics of an ecosystem". Encadrants Jérôme Sueur & Sylvain Haupert, ISYEB ; Collaboration avec le MIT (USA)

• MORHAIN Brice - "Quels processus expliquent la diversité taxonomique et adaptative des animaux benthiques? Etudes de la lignée des Polynoidae à traves les différentes biomes et régions de l'océan mondial." Encadrant(e)s SAMADI Sarah, ISYEB & Stéphane HOURDEZ 

• NIETO Alba - "Intelligence artificielle pour les inférences démographiques". Encadrant Stefano Mona, ISYEB.

• OMARJEE Abdelmajid - " Encadrants Jérome Fuchs ISYEB & Guillaume Achaz, Collège de France.

• PARSEKIAN Antoine - "Co-évolution des formes et des couleurs chez les papillons du genre Charaxes" Encadrant(e)s : Vincent Debat & Marianne Elias, ISYEB

• PUISSANT Agathe - "Identification des forces évolutives impliquées dans la diversification des motifs de couleurs des ailes chez les papillons à partir des collections de Musée". Encadrante Violaine Llaurens.

• RANDRIAMANANA Lantotiana  - "Création d’une base de données pour la biodiversité des aires protégées gérées par Madagascar National Parks (MNP) et étude systématique du genre Saldinia A. Rich (Rubiaceae)". Encadrants Florian Jabbour, ISYEB ; Bernard Riera, MECADEV ;  Sylvain Razafimandimbison, NHMS Stockholm & Timothée Le Péchon, Jardin Botanique de Meise.

• REMI Pierre - "Caractérisation de bactéries géantes sulfo-oxydantes en lien avec le fonctionnement des mangroves" Encadrants Olivier Gros, ISYEB & Jean-Marie Volland.

• RHIM Gaspard - "Distribution actuelle et future des organismes mixotrophiques dans les écosystèmes marins". Encadrante Lucie Bittner, ISYEB.

• RINGEVAL Allan - "Meta-analyse des toxines de néogastéropodes : leurs venins sont-ils à l’origine de leur succès évolutif ? " Encadrant Nicolas Puillandre, ISYEB.

• RIZOS Iris - "Cycle de vie des Radiolaires photosymbiotiques / Life cycle of photosymbiotic Radiolaria" Encadrant(e)s  Lucie Bittner, ISYEB &Fabrice Not, AD2M, station biologique de Roscoff.

• ROUSSEAU Jeremy - "Innovations structurales et fonctionnelles chez les dinoflagellés : l’alliance des masses de données omiques et de l’apprentissage profond nous permet-elle de les identifier ?"
  Encadrantes Lucie Bittner & Mathilde Carpentier ISYEB.
  
   
• SACHOT Pierre - “Dynamiques spatio-temporelles de la communauté de micromammifères de la ville de Paris: enjeux socio-territoriaux et écologiques.” Encadrante Aude Lalis, ISYEB.

• SALIBA Elie - "La nomenclature à l'ère de l'Open science, des Big data, et des données FAIR". Encadrantes Annemarie Ohler & Régine Vignes, ISYEB

• SAHRAOUI Maya - "Enrichissement joint des bases de connaissances, de textes et d'images, par apprentissage automatique dans le contexte de l'identification en biodiversité" Encadrant(e)s :   Régine Vignes, ISYEB & Vincent Guigue SU.

• SUSSFELD Duncan : Algorithmes de graphes pour l'étude de l'évolution combinatoire des briques élémentaires de gènes". Encadrants : Eric Pelletier (UMR Génomique Métabolique du Génoscope), Philippe Lopez, ISYEB.

• TOUAFCHIA Sami - "Endémicité et adaptations aux extrêmes environnementaux chez les bambous du monde". Encadrant(e)s Thomas Haevermans, ISYEB ; Maria Vorontsova (RBK Kew, UK) & De-Zhu Li (Kunming Institute of Botany, RPC).

• VOLZHENIN Konstantin - "Deep learning to predict metabolic protein-protein interaction networks for environmental microbial communities" Encadrantes Alessandra Carbone, 
  Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB) & Lucie Bittner, ISYEB.

• YU Zheyuan - "Patrons biogeographiques et dynamique de diversification des Eneopterinae (Orthoptera, Gryllidae) 
  Biogeographic Patterns and Diversification Dynamics of Eneopterinae (Orthoptera, Gryllidae)" encadrants Tony Robillard, ISYEB, Gaël Kergoat (CBGP) & ZhuQing He (Univ. Shanghai).

• ZHAO Yanan - "Diversité, histoire et biogéographie des fougères Hymenophyllaceae en Asie avec un focus sur les taxons chinois." Encadrant(e)s Sabine Hennequin & Jean-Yves Dubuisson, ISYEB.