Angelika BOROWIECKA

Titre de la thèse : Étude du succès épidémique des lignées de tuberculose multirésistantes et de leur paysage adaptatif par une approche intégrée combinant la génomique des populations et les associations à l’échelle du génome.

Le sujet de thèse se concentre sur une lignée évolutive du complexe M. tuberculosis enrichie en souches multirésistantes, la lignée Beijing, qui connaît un succès sans précédent à l’échelle mondiale. Afin d’endiguer la propagation de ce pathogène, il est nécessaire de comprendre d’une part ce qui le rend efficace et d’autre part, quelles sont les forces sélectives et les mécanismes en jeu. À cette fin, le projet de thèse est divisé en trois parties. Tout d’abord, nous nous concentrerons sur l’émergence et la propagation des souches multirésistantes en France. Une deuxième étape, plus conceptuelle, nous permettra de rechercher par des associations génomiques à l’échelle du génome (GWAS) des mutations ponctuelles associées au succès épidémique de la lignée Beijing en utilisant un indice mathématique qui permet de mesurer l’épidémicité d’une souche. Enfin, une troisième étape vise à développer des simulations prédictives à l’interface des résultats obtenus in vivo en laboratoire afin de prédire la vitesse de propagation de nouveaux variants (accumulant des mutations de tolérance et de résistance aux antibiotiques) au sein d’un individu ou de populations. »

• Encadrant ISYEB : Thierry Wirth
• Vers la rubrique des thèses en cours