Présentation
Le processus de la spéciation est souvent graduel culminant dans l’évolution d’un isolement reproducteur complet et la fixation des différences génétiques entre espèces naissantes. Tracer des lignes au long de ce continuum a longtemps était un défi important pour le systématicien. Les progrès récents en séquençage des génomes lui ont fournit une source incomparablement riche en caractères dont la conceptualisation des états est objective et l’homologisation par alignement est reproductible. En plus, ces variations ne sont pas muettes car elles sont à l’origine des divergences morphologiques, physiologiques et éthologiques qui définissent les taxons qu’il étudie.
Cependant, ces progrès relèvent aussi des nouveaux défis. D’une part, l’évolution des différentes régions du génome est souvent hétérogène amenant à plusieurs incongruences entre histoires des gènes et des caractères et l’histoire des espèces. D’une autre, les données du séquençage ne se limitent pas au génome du taxon mais elles contiennent souvent les gènes de ses symbiontes et ses endoparasites dont le rôle dans la spéciation reste mal compris. Finalement, le lien entre variation génétique et divergence phénotypique n’est toujours pas simple, compliquant ainsi notre compréhension de l’architecture génétique des traits diagnostiques, de leurs contraintes développementales, de leurs effets sur l’isolement reproducteur et de l’ordre par lequel ils se reconstruisent durant la spéciation.
Cet axe ne vise pas la systématique moléculaire au sens large comme dans l’usage de quelques marqueurs dans l’identification des espèces (ex : barcode ADN) ou des données génomiques pour reconstruction phylogénétique profonde (ex : RAD-Seq). Il espère réunir les systématiciens travaillant sur la délimitation des espèces naissantes (shallow-systematics) et les généticiens de l’évolution cherchant à comprendre les forces populationnelles neutres et adaptatives agissant sur le génome et les mécanismes développementaux sous-tendant les divergences phénotypiques durant la spéciation. Cette transversalité aura comme objectif de partager des idées et des méthodes et d’élaborer des projets collaboratifs visant à mieux comprendre le processus de la spéciation.
L’ISyEB comporte plusieurs compétences dans le domaine de la génomique des populations. Ces compétences sont dispersées dans les différentes équipes et couvrent un large spectre taxonomique incluant les bactéries, les algues, les champignons, les insectes et les oiseaux. D’autres compétences sont plus ancrées dans les approches théoriques pour l’estimation de l’histoire démographique et des signaux de la sélection à la base des données génomiques. La question des symbiontes microbiennes, bien que développés au sein de l’unité n’a pas encore été élaborée sur le plan génomique.
Le lien entre variations génomiques et phénotypiques a été étudié chez les insectes, en particulier pour identifier les gènes contrôlant les polymorphismes de couleur impliqués dans le mimétisme mullerien chez les papillons ou sexuel chez les drosophiles. Les approches génomiques et transcriptomiques sont également applicables pour l’analyse d’autres types de polymorphismes étudiés par les chercheurs de l’ISyEB qui peuvent parfois rendre la délimitation des espèces difficiles, tels les coquilles des mollusques, l’architecture florale ou les castes des insectes sociaux.
L’axe serait animé à travers une série des séminaires ou un colloque introduisant la communauté des systématiciens de l’ISyEB à ces approches génomiques. Un nombre des modèles clés représentant des taxons en « continuum de spéciation » dans les divers branchements de la vie sera identifiée, et la possibilité d’appliquer les approches –omiques à ces modèles serait donc développée. Ces discussions et ces interactions feront la base d’un projet collaboratif commun et/ou des publications de synthèse sur la base génomique de la spéciation.