Entité de rattachement
Laboratoire informatique et Systématique (LIS)
Thème interdisciplinaire de recherche
Biodiversité-informatique, bases de données et de connaissances, méthodes d'identification
Recherches
Habilité(e) à diriger des recherches

Contact

Site(s) web
Courriel
regine.vignes_lebbe [at] sorbonne-universite.fr
vignes-lebbe [at] mnhn.fr
rvignes [at] gbif.fr
Téléphone
01 40 79 80 61
Adresse(s)

43 rue Buffon

CP48

75005 Paris

Responsabilités dans l'unité

Responsable de l'équipe LIS

Responsabilités hors unité

• Membre élu au conseil d’administration de l’UFR 918 TEB ; Membre de la commission des enseignements, et membre du conseil scientifique

• Membre nommé à la commission scientifique sectorielle de l’IRD « Sciences des données et des modèles » (CSS5) (depuis 2016)

• Coordinatrice scientifique du GBIF France Voir http://www.gbif.fr/

• Coordinatrice du master "Systématique, Evolution, Paléobiodiversité" (master cohabilité UPMC-MNHN) de sa création jusqu'en 2018. Responsable du  sous-parcours de master "Informatique pour la Biodiversité"

 

 

 

Enseignements

Présentation

  • Recherches

Thématique : Biodiversité-informatique, bases de données et de connaissances, méthodes d'identification

Ma recherche est résolument interdisciplinaire Biodiversité-Informatique comme en témoigne mon parcours professionnel (recherche informatique au sein de l’INRIA, conseiller scientifique en recherche informatique pour bio-Mérieux, puis Enseignant chercheur UPMC/SU en biologie des organismes)  et mes participations à des projets concernant l'informatisation des données de biodiversité (voir rubrique projets). C’est une recherche théorique, méthodologique et appliquée et ma spécialité concerne la représentation des connaissances (bases de données et de connaissances, ontologies) et les méthodes d'identification et d'analyse des descriptions morphologiques.

Cette recherche soutend le développement de la plateforme collaborative Xper3 (www.xper3.fr) et ses applications.

Exemple 1:

Plateforme Wper3 exemple 1

exemple1 plateforme Xper3

Crédits
© Régine Vignes

Figure 1 : Projet TRASSE (TRAnsmission Sémantique des connaissances de la Systématique vers l’Ecologie ). L’identification est au cœur de nombreuses activités ; ici le programme de sciences participatives SPIPOLL. Ici la clé d’identification en ligne (Xper3) nécessite l’interprétation humaine des caractères observables. La démarche d’identification est ensuite utilisable dans une boucle d’apprentissage pour ajuster la clé.  (Ce travail a été soutenu par le programme Convergences de SU,

et fait l’objet du stage MS PPSE de Mathilde Delaunay)

 

 

Exemple 2 :

Xper3 exemple 2

Xper3 exemple 2

Crédits
© Régine Vignes

Figure 2 : Les réseaux de neurones profonds ont permis de grandes améliorations dans l’analyse d’images. Ici le réseau ResNet a été entrainé pour reconnaître 4 caractéristiques morphologiques sur des planches d’herbier. Des premiers résultats sont encourageants. Une telle méthode permettrait d’annoter automatiquement les millions d’images des collections comme celles de l’herbier du MNHN. (Ce travail a été soutenu par le MNHN et a fait l’objet du stage de l’Ecole Polytechnique de Yue Xhu.  Collaboration LIP6 - ISYEB - IRD).

 

 

Publications

2024
  • Saint-Sardos Adrien, Aish Annabelle, Tchakarov Nikolay, Bourgoin Thierry, Petit Luce-Marie, Sun Jian-Sheng & Vignes-Lebbe Régine, 2024Bioinspire-Explore: Taxonomy-Driven Exploration of Biodiversity Data for Bioinspired Innovation. Successful bioinspired design depends on practitioners’ access to biological data in a relevant form. Although multiple open… Biomimetics vol. 9, n° 2, p. 63
    ISSN
    2313-7673
2022
  • Kerner Adeline, Bouquin Sylvain, Portier Rémy & Vignes-Lebbe Régine, octobre 2022« The 8 Years of Existence of Xper3: State of the art and future developments of the platform » in TDWG 2021.. vol. 5, , tex.hal_id: hal-03370639 tex.hal_version: v1
2021
  • Bourgoin Thierry, Bailly Nicolas, Zaragueta René & Vignes-Lebbe Régine, 2021Complete formalization of taxa with their names, contents and descriptions improves taxonomic databases and access to the taxonomic knowledge they support. Systematics and Biodiversity vol. 19, n° 7, p. 738-746 Publisher: Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles tex.hal_id: mnhn-03232322 tex.hal_version: v1
    ISSN
    1477-2000, 1478-0933
  • Saliba Elie Mario, Vignes-Lebbe Régine, Dubois Alain & Ohler Annemarie, 2021ZooNom : an online thesaurus for alleviating ambiguity in the terminology of zoological nomenclature. Zootaxa vol. 5071, n° 1, p. 42-50 Publisher: Magnolia Press tex.hal_id: hal-03451775 tex.hal_version: v1
    ISSN
    1175-5334, 1175-5326
  • Vignes Regine, 2021« Chapitre 6 Collections de bambous du Viet Nam Conservation, informatisation et valorisation pour le développement durable » in Biodiversité des écosystèmes intertropicauxConnaissance, gestion durable et valorisation.. , , p. 113-123 tex.hal_id: mnhn-03938210 tex.hal_version: v1
2020
  • Saucède Thomas, Eleaume Marc, Jossart Quentin, Moreau Camille, Downey Rachel, Bax Narissa, Sands Chester, Mercado Borja, Gallut Cyril & Vignes-Lebbe Régine, 2020Taxonomy 2.0: computer-aided identification tools to assist Antarctic biologists in the field and in the laboratory. Antarctic Science vol. 33, n° 1, p. 1-13 Publisher: Cambridge University Press (CUP) tex.hal_id: hal-03090197 tex.hal_version: v1
    ISSN
    0954-1020
2019
  • Delaunay Mathilde, Vignes-Lebbe Régine & Nattier Romain, 2019How to facilitate the identification of the entomofauna ? : Construction, evaluation and improvement of digital identification keys, Comment faciliter l’identification de l’entomofaune ? : Construction, évaluation et amélioration de clés d.... Digital identification keys are effective tools for identifying plants and animals, and are also used in citizen science… , , X
2018
  • Jouveau Séverin, Delaunay Mathilde, Vignes-Lebbe Régine & Nattier Romain, 2018A multi-access identification key based on colour patterns in ladybirds (Coleoptera, Coccinellidae). ZooKeys , n° 758, p. 55-73
    ISSN
    1313-2989
  • Dubuisson J.-Y., Bouquin S. & Vignes-Lebbe R., 2018Outil d’identification informatisé : Xper et Orchidées de France métropolitaine. L’Orchidophile vol. 219, , p. 311-318
  • Troudet Julien, Vignes-Lebbe Régine, Grandcolas Philippe & Legendre Frédéric, 2018The Increasing Disconnection of Primary Biodiversity Data from Specimens: How Does It Happen and How to Handle It?. Systematic Biology vol. 67, n° 6, p. 1110-1119
    ISSN
    1063-5157, 1076-836X