Pages personnelles, bibliographie et productions scientifiques
Activités de recherche
Ma recherche est centrée sur la microbiologie du sol et l’interaction mycorhizienne, une symbiose entre les racines de plus de 90% des plantes et des champignons du sol. J’utilise des méthodes issues de la biologie moléculaire (code-barre moléculaire, transcriptomique) pour étudier les populations microbiennes et les communautés mycorhiziennes, qui sont largement dominées par des espèces non cultivables. De plus, les méthodes isotopiques (abondance naturelle des isotopes stables 13C et 15N) fournissent de précieux marqueurs pour étudier la nutrition des organismes, et plus particulièrement les échanges entre les plantes et les champignons in situ
Mes travaux comprennent une activité et une expertise naturaliste (botanique, mycologie). En étudiant l’interaction mycorhizienne, mes collaborateurs et moi-même traitons des questions générales sur l’écologie et l’évolution des symbioses, en particulier celles qui créent des réseaux entre individus et espèces différentes.
Quatre thèmes majeurs peuvent être distingués :
- La génétique des populations des champignons mycorhiziens (1994 – actuel), de l’échelle locale (forêt) à l’échelle globale (inter-continentale) ; surtout sur le genre Laccaria, et plus récemment des espèces des genres Amanita et Tuber.
- Les communautés ectomycorhiziennes des forêts méditerranéennes et tempérées (1998 – actuel), avec un intérêt particulier pour leurs réponses aux perturbations climatiques et anthropiques, non seulement en termes taxonomiques, mais aussi plus fonctionnellement, en mesurant les activités enzymatiques excrétées.
- Mycohétérotrophie (2000 – actuel), c’est à dire la biologie des plantes qui utilisent leurs champignons mycorhiziens comme source de carbone, ou bien exclusivement (mycohétérotrophie complète) ou bien en complément de leur photosynthèse (espèces vertes dites ‘mixotrophes’). L’identité des champignons associés et l’écophysiologie de ces plantes sont étudiées dans les régions tempérées et tropicales, et interprétés dans une perspective évolutive.
- Mycorhizes des orchidées (2000 – actuel), en particulier nature des partenaires fongiques (diversité, coévolution), anatomie de l’interaction et métabolisme des plantes (Cf. point précédent), dans les régions tropicales et tempérées.
- Les réseaux d’interactions (2000 – actuel) entre plantes et champignons, à l’échelle de la parcelle (dont les réseaux mycorhiziens) et au niveau évolutif.
Je suis plus globalement intéressé par les symbioses et leur évolution en général, avec un penchant pour certains modèles, comme l’hyper-diversité des Sébacinales, les Neottieae, une tribu d’orchidées aux individus albinos fascinants, et la Truffe noire, Tuber melanosporum.
Mais l’aventure est collective – vous verrez dans les auteurs de mes articles les nombreux collaborateurs sans qui je ne pourrais travailler !
Je suis éditeur du New Phytologist et éditeur associé de Symbiosis et Botany Letters et Ecology Letters mais aussi à la revue Espèces. Je suis membre correspondant de l’ Académie d’Agriculture de France
et de l’Institut Universitaire de France.
Je suis président de la Fédération Biogée. Je participe aux bureaux de Société botanique de France, de France-Orchidée , de l’Association Française d’Agroforesterie et de Tela Botanica.
Je participe aux comités scientifiques de la Société Française d’Orchidophilie et de Tela Botanica.
J’enseigne activement au Muséum et dans diverses universités et grandes écoles dont AgroParisTech, Ecoles Normales supérieures de la rue d’Ulm (Paris), Saclay et de Lyon, Science-Po Lille, l’Ecole des Hautes Études en Santé Publique et à l’Université de Gdansk (Pologne). Mes cours portent sur les plantes, les algues et les champignons (de la biologie à l’écologie), la biologie des interactions et sur l’évolution et l’écologie en général – sur le terrain aussi souvent que possible. J’enseigne en particulier aux futurs enseignants en biologie-géologie notamment à la préparation à l’Agrégation SV-STU ENS/ParisXI/MNHN. Enfin, je m’investis beaucoup en vulgarisation, par des conférences, des excursions de terrain, des articles (voir infra), et des livres (ci-dessous).
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MNHN - Web série sur la nature des plantes en 5 épisodes
MNHN - Web série pour que nature vive
LIVRES : Dernières parutions
