J'ai le plaisir de vous inviter à la soutenance de ma thèse, intitulée “Réseaux mycorhiziens et endophytes en milieux tempérés et désertiques" le mardi 9 avril 2024. 

La soutenance sera également disponible en visioconférence au lien suivant : 
 

 
 
JURY : 
 
M. BUEE, Marc Directeur de Recherche, INRAe, Nancy, France Président
Mme. LEROY, Céline Directrice de Recherche, IRD, Kourou, Guyane, France Rapportrice
M. PETER, Martina Directrice de Recherche, WSL, Birmensdorf, Suisse Rapportrice
Mme. ROY, Mélanie Maitresse de Conférences, Université Paul Sabatier, Toulouse, France Examinatrice
M. SELOSSE, Marc-André Professeur, Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris, France Directeur de Thèse
 
 
Résumé
 
Les plantes vivent en interaction avec une multitude de microorganismes qui sont indispensables à
leur développement. Parmi ces microorganismes, les champignons jouent un rôle central : certains forment les
mycorhizes, des organes mixtes permettant entre autres d’assurer la nutrition des plantes. D’autres
champignons, qualifiés d’endophytes, colonisent de manière plus diffuse les tissus des plantes et leurs
interactions avec les plantes varient de l’amensalisme au commensalisme. Malgré l’importance des
communautés fongiques associées aux plantes, les facteurs et processus influençant leur assemblage sont
encore mal connus.
Au cours de cette thèse, nous avons cherché à mieux comprendre comment s’assemblent les
communautés fongiques associées aux plantes (mycobiote) en milieux désertiques et tempérés. En milieu
désertique, nous avons ainsi montré que la distribution spatiale des microorganismes du sol était liée à la
présence d’espèces pérennes, distribuées en îlots de fertilité. En étudiant Haloxylon salicornicum comme
modèle de plante pérenne, nous avons montré que le sol était un réservoir majeur du mycobiote (transmission
horizontale) et que certains champignons étaient transmis par les graines (transmission verticale), en particulier
chez les jeunes individus. Dans des écosystèmes tempérés présentant des communautés végétales plus denses
et diverses, nous avons démontré que certains champignons ectomycorhiziens (e.g., Russula spp.) sont
également capables de coloniser les racines de plantes non-ectomycorhiziennes voisines en tant
qu’endophytes, suggérant une influence de des communautés végétales sur l’assemblage du mycobiote
racinaire. Finalement, l’étude des communautés microbiennes des racines d’Helianthemum lippii en milieu
désertique nous a permis d’identifier des sites producteurs de truffes du désert (Tirmania nivea) mais également
de mettre en évidence une potentielle double colonisation ectendomycorhizienne atypique.
Nous avons ainsi mis en évidence que l’assemblage des communautés fongiques associées aux plantes
dépend des conditions édaphiques, de la composition des communautés végétales et des voies de transmission
des champignons qui varient en fonction du développement des plantes. Les résultats obtenus suggèrent
également que l’écologie des interactions entre plantes et champignons est quelque fois préjugée au regard de
l’identité taxonomique des partenaires étudiés.

Abstract

Plants interact with diverse microorganisms that are essential to their development. Among these, fungi
play a central role: some form mycorrhizae, symbiotic associations that, among other things, ensure plant
nutrition. Other fungi, known as endophytes, loosely colonize plant tissues, and their interactions with plants
range from amensalism to commensalism. Despite the importance plant-associated fungal communities, the
factors and processes influencing their assembly are still poorly understood.
During the course of this thesis, we sought to gain a better understanding of how plant-associated
fungal communities (mycobiota) assemble in desert and temperate environments. In desert environments, we
have shown that the spatial distribution of soil microorganisms is linked to the presence of perennial species,
distributed in fertility islands. By studying Haloxylon salicornicum as a perennial plant model, we showed that
the soil was a major reservoir of mycobiota (horizontal transmission) and that some fungi were transmitted by
seeds (vertical transmission), particularly in young individuals. In temperate ecosystems with denser and more
diverse plant communities, we have demonstrated that some ectomycorrhizal fungi (e.g., Russula spp.) are
also capable of colonizing the roots of neighbouring non-ectomycorrhizal plants as endophytes, suggesting an
influence of plant communities on root mycobiota assembly. Finally, the study of root microbial communities
of Helianthemum lippii in desert environments enabled us to identify sites producing desert truffles (Tirmania
nivea), but also to highlight a potential atypical double ectendomycorrhizal colonization.
We have thus demonstrated that the assembly of fungal communities associated with plants depends
on edaphic conditions, the composition of plant communities and fungal transmission pathways varying
according to plant development. Our results also suggest that the ecology of plant-fungi interactions is
sometimes prejudged according to the taxonomic identity of the studied partners.
 
 
La thèse sera suivi d’un pot (autour de 17h30) au rez-de-chaussée du bâtiment de Cryptogamie.
 
 
Liam LAURENT-WEBB
Doctorant
Muséum National d'Histoire Naturelle/CIRAD
Institut de Systématique et d'Evolution (ISYEB, UMR 7205)
Equipe Interaction et Evolution Végétale et Fongique (INEVEF)
+ 33 6 49 15 10 45
 
 
Published on: 08/04/2024 14:34 - Updated on: 08/04/2024 14:35

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