Une approche interdisciplinaire en génomique, écologie urbaine et éco-épidémiologie pour une meilleure gestion des rats à Paris.

 

Le projet ARMAGUEDON, financé par l'ANR et porté par Aude Lalis (ISYEB), démarre le 1er mars 2021 pour une durée de 42 mois
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©AIS/UMS 2AD

 

Les rats bruns font partie des espèces synanthropes les plus abondantes vivant dans des habitats urbanisés, mais aussi les moins étudiées dans de tels environnements. Leur large répartition dans les villes pourrait potentiellement mettre des organismes infectieux zoonotiques en contact avec l’homme. Le manque de connaissances sur la biologie et l'écologie spatiale du rat en ville nuit à l'efficacité des programmes de gestion mais compromet surtout la gestion des risques sanitaires associés. Nous proposons une nouvelle approche combinant écologie urbaine, génomique, épidémiologie, parasitologie, enquête sociale et médiation scientifique afin d'étudier les populations de rats bruns dans la ville de Paris. La collaboration interdisciplinaire entre différents scientifiques (Muséum National d’Histoire de Paris, Institut Pasteur, Vetagro Sup, Sorbonne Université) et administrateurs urbains (Ville de Paris) structurera un programme intégré de gestion des rats, développant ainsi de nouvelles options pour le contrôle des populations de rats et pour une meilleure perception du rat dans la société.

TROIS GRANDS OBJECTIFS :

  • Décrire la biologie et l'écologie des rats de Paris.
  • Comprendre les risques de transmissions de maladies et d'infections des rats aux hommes.
  • Lutter contre les préjugés pour aider les Parisiens à mieux cohabiter avec les rats.

 

 

EQUIPE ARMAGUEDON

 

* Amalia RATAUD, Vacations 2023. Saisie informatique des formulaires d'enquête sociologique, inventaire du matériel 'terrain' et réalisation d'une photothèque / videothèque
* Giuila IACONELLI, Vacations 2023. Actualisation de la colonne Totem - Présentation du projet ARMAGUEDON. Fête de la Sience 2023
* Amalia RATAUD, Solene JOSSINET, Margaux FAYAUD, Wendy FAJARDO CAPADOR, Hannah DEMERSEMAN: Equipe'terrain' 2023

* Romuald LASO-JADART - 2021/2023 - POSTDOCTORAT - Génomique des populations de rat brun à Paris: Histoire démographique et Adaptation locale.
* Nadia HUBERT - 2023- M2 -  Distribution des densités du rat brun en fonction d’un gradient d’habitat en milieu urbain dense.
* Corentin LAMBERT-GRIMPARD - 2023- M2 - Du terrain aux Collections: Préparation et Valorisation de spécimens de rat brun et de leurs exo-parasites
* Etienne BREJON - 2022- M2 - Structuration génomique des rats à Paris et dispersion biaisée par le sexe
* Giuila IACONELLI - 2021/2022 - DSAA DIS - Rattusorama : Voir le rat
* Pierre SACHOT - 2021- M2 - Saisonnalité de la reproduction chez le rat brun à Paris intra-muros.
* Tanguy BERNARD - 2021 - M2 - Suivi de populations de rats bruns dans plusieurs parcs urbains de Paris : Ajustement des protocoles de terrain du projet ANR ARMAGUEDON.
* Doriane CAZALS - 2022 - L3 - Méthodes d’estimation de l’abondance d’une population de rat brun par piégeage et itinéraires-comptages, et caractérisation de l’âge et du sexe des individus.

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  • CHRONIQUE N°21: "VIS MA VIE DE STAGIAIRE...SUR LE TERRAIN!»

    "Observations & Rencontres"

    J’ai rejoint le projet Armaguedon pendant plusieurs semaines cet été, l’occasion de passer du temps sur le terrain à pratiquer l’observation des rats mais aussi des parisiens ! Chaque matin, nous relevons les pièges qui capturent les rats, et passons donc du temps dans les espaces verts étudiés. Ainsi, nous apprenons à reconnaître certains rats, notamment un vieux mâle avec la queue en tire-bouchon. Observer cet individu pendant de longues minutes se révèle une source de nombreux renseignements sur le comportement du rat en ville. D’ailleurs, je découvre aussi qu’il s’agit d’une technique scientifique officielle en éthologie: le scan-sampling qui consiste à se positionner à un point donné, de rester statique, d'observer et d’enregistrer absolument tout ce qui se passe. J’ai également participé à l’étude sociologique sur la perception du rat par les citadins auxquels nous soumettions un questionnaire. Réaliser ces entretiens en présence même de l'espèce Rattus norvegicus qui pouvait passer sous nos yeux à ce moment précis était on ne peut plus réel et appliqué! 

    Enfin, une personne voulant bien faire, nous à donné un matin pour appât à mettre dans nos pièges….des merguez! Nous avions déjà pensé à beaucoup d’astuces pour attirer le rat parisien : appât de graine de tournesol, croquette, sardine...mais n’essayez pas, la merguez ne fonctionne pas! 

      Hannah

 

 

  • CHRONIQUE N°20: «VIS MA VIE DE STAGIAIRE...SUR LE TERRAIN!»

"Paris au petit matin"

« Il est cinq heures, Paris s’éveille ». Je pense à Dutronc en découvrant la ville au petit matin pour cette nouvelle journée de terrain. Je ne sais pas si la « Tour Eiffel a froid aux pieds » et si « l’Arc de Triomphe est ranimé », mais ici le primeur est plein de choux-fleurs! Et les rats sont-ils la? Allons-nous en attraper aujourd’hui? Je retrouve l’équipe au grand complet, l’œil encore un peu ensommeillé mais curieux de découvrir les captures du jour. Place à l’action et la matinée sera bien remplie! Pas vraiment le temps de savourer le privilège d’être seuls dans un jardin parisien : installation du matériel, contrôle des pièges, ré-appatage, prises de différentes mesures sur les rongeurs capturés … Et rebelote, tout au long de la matinée dans d’autres jardins! Cette fois-ci, il est onze heures, c’est l’heure de lever le camp et d’aller prendre notre petit- déjeuner!! Nous reviendrons demain!

     Amalia

CHRONIQUE N°20 MA VIE DE STAGIAIRE SUR LE TERRAIN
  • CHRONIQUE N°19: "QUELQUES DEPLACEMENTS….HUMAINS" L' EXPO RATTUS

AVIS D’EXPOSITION : Le Musée des Égouts de Bruxelles présente « Rattus », une exposition dédiée au rat brun proposant un parcours ludique et interactif du 15 septembre 2023 au 16 juin 2024, en collaboration avec AMARGUEDON. En parallèle, le Musée des Égouts lance une grande année thématique sur le sujet, en organisant diverses activités autour de l’exposition : des « Family Sundays » avec des activités thématiques autour du rat, des conférences,  un « Behind The Scenes » pour découvrir les coulisses de l’expo ainsi qu’une exploration de la faune sauvage de Bruxelles. Allez-y !!!

 

ARMAGUEDON CHRONIQUE 19
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© Aude Hendrick
  • CHRONIQUE N°18:« QUELQUES DEPLACEMENTS….HUMAINS »

ARMAGUEDON a participé ces derniers mois à plusieurs conférences et rencontres scientifiques. Beaucoup d’échanges et de collaborations in prep….

 

CHRONIQUE 18 ARMAGUEDON
ARMAGUEDON a participé ces derniers mois à plusieurs conférences et rencontres scientifiques. Beaucoup d’échanges et de collaborations in prep….

 

  • CHRONIQUE N°17:« QUELQUES DEPLACEMENTS….HUMAINS »

    Une grande partie de l’équipe MNHN du projet ARMAGUEDON a participé aux 3èmes Rencontres nationales Petits Mammifères qui se sont déroulées au Muséum de Bourges organisées par la Société Française pour l’Etude et la Protection des Mammifères – SFEPM.  Au programme, présentation du projet ARMAGUEDON « Qui est vraiment le rat des villes ? » dans une ambiance chaleureuse de discussion sur divers aspects scientifiques, techniques …et vinicoles.

 

CHRONIQUE 17:« QUELQUES DEPLACEMENTS….HUMAINS

 

 

  • CHRONIQUE N°16 : " TELLE EST LA QUESTION !! "

Combien y’a-t-il de rats à Paris ? Cette continuelle question posée dans les médias et répondue à coup de chiffres inventés n’a pas de sens biologique. Le rat brun en ville vit sur une petite échelle où il doit y trouver de nombreux éléments propices pour s’y installer (nourriture, abri …). A l’échelle d’une ville comme Paris, il est donc pratiquement illusoire de savoir leur nombre du fait de la multiplicité des habitats présents à ces petites échelles. Par contre, « Comment estimer les densités de population de rats bruns à partir d’observations réalisées dans différents habitats d’espaces verts et de jardins publics ? » est la question à laquelle va répondre Nadia Hubert dans le cadre de son stage de deuxième année de Master en Ecologie réalisé au sein d’ARMAGUEDON. Les densités de rats bruns sont-elles identiques entre les parcs, ou observe-t-on des variations selon la nature des aménagements ? Sur quelle distance et à quelle fréquence les rats bruns se déplacent-ils? À partir des données récoltées lors les sessions de terrain par des méthodes de capture-marquage-recapture (cf. chronique n°3), de piégeage photographique (cf. chronique n°4) et de la pose de balise GPS sur des individus capturés afin de suivre leurs déplacements, nous tenterons de répondre à ces questions actuellement encore sans réponse scientifique chez le rat brun dans les grandes villes du monde.

 

ARMAGUEDON CHRONIQUE N°16 : « TELLE EST LA QUESTION !! »
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© Aude Lalis ISYEB MNHN

 

  • CHRONIQUE N°15 : " DU TERRAIN AUX COLLECTIONS "

Quels sont les parcours des spécimens et des échantillons …de leur collecte sur le terrain aux réserves des Collections et aux salles d’exposition du MNHN? Cette problématique est le sujet d’un stage de deuxième année de master en muséologie des Sciences naturelles / MNHN réalisé par Corentin Lambert-Grimpard au sein du projet ARMAGUEDON. Ce stage abordera dans un contexte éthique et réglementaire officiel les différentes méthodes de préparations et de valorisation du rat brun et de ses exo-parasites (puces, poux, tiques) en vue de leur intégration dans les collections.

 

ARMAGUEDON CHRONIQUE 15 : " DU TERRAIN AUX COLLECTIONS

 

  • CHRONIQUE N°14 : " RAT NATURALISÉ "

    Dès que l'Homme s'est intéressé à la nature en tant que source de connaissance, il a fallu l’observer, la décrire, la nommer. Au MNHN, la taxidermie est encore une manière de dire et de montrer cette nature à travers la mission scientifique d’étude et de conservation de la biodiversité. La Taxidermie vient de deux mots grecs signifiant «préparation» et «peau». C’est donc l’art de rendre aux animaux dépouillés l’apparence de la vie. Cette profession demande beaucoup d’observation, de créativité, de minutie et d’habileté: un savoir faire unique encore bien présent au Service de Préparation Ostéologique et de Taxidermie du MNHN! Certains spécimens de rat brun ont ainsi été préparés en objets muséographiques devenus objets patrimoniaux pouvant être présentés au grand public lors des expositions et ateliers & rencontres.

ARMAGUEDON CHRONIQUE 14

 

  • CHRONIQUE N°13 :" ON DIFFUSE, ON DISSÉMINE, ON DISPERSE..."

Petit aperçu des publications grand public publiées en 2022 par ARMAGUEDON. Le partage de connaissances avec le grand public et la médiation scientifique sont au cœur de notre métier de chercheurs au MNHN. A l’interface Sciences et Société, nous avons   pour vocation de rendre les connaissances sur la diversité naturelle accessibles à tous et d'aider chaque citoyen à mieux comprendre le monde qui l’entoure.

 

ARMAGUEDON CHRONIQUE 13

 

  • CHRONIQUE N°12 : " RATTUSORAMA: Voir le rat ! "

Dans le cadre de son diplôme supérieur d'Arts appliqués, option Design d'Illustration scientifique /  École Estienne, Giulia Iaconelli a conçu pour ARMAGUEDON un nouveau concept de scénographie autour d’une colonne totem de panneaux didactiques et d’illustrations afin de répondre à plusieurs questions: Quels procédés de vulgarisation scientifique utiliser pour déconstruire les a priori sur le rat en ville? Quelle approche narrative employer pour retranscrire un travail de recherche en cours? Comment sensibiliser et impliquer le public dans l’histoire et la biologie des populations de rats bruns ?

Le fort succès de sa colonne totem montre que Giulia a réussi à présenter et à représenter de manière sensible, esthétique et réaliste les informations scientifiques issues du projet ARMAGUEDON. Cet outil de médiation va maintenant jouer un rôle important dans nos expositions itinérantes.

 

Rattusorama : Voir le rat

 

  • CHRONIQUE N°11 : « VIVE LA SCIENCE ! »

Gros succès pour l'Atelier « Biodiversité urbaine: le rat à Paris » d’abord avec la journée des scolaires, la visite de Mme la Ministre Sylvie Retailleau et de Jamy, puis auprès du grand public. Merci à tous d'avoir fait  preuve de curiosité et d'ouverture d'esprit pour tenter d'en connaître plus sur le rat des villes.

 

Chronique 11 VIVE LA SCIENCE

 

  • CHRONIQUE N°10 : « ALERTE PARUTION »

    L'histoire de Paris et celle des rats sont liées. Le livre « Rats de Paris » d'Hécate Vergopoulos (Maîtresse de conférences au CELSA Sorbonne Université et chercheuse au GRIPIC, et collaboratrice au sein d’ARMAGUEDON) se propose d'investiguer à travers l'histoire les relations entre ces petits animaux et la capitale française: de la construction des égouts et du métro parisien, à la relocalisation hors la ville des cimetières et des abattoirs, de la structuration de l'administration sécuritaire à la création de la SPA. Les transformations de Paris au 19e siècle ont travaillé la relation aux rats. Insignifiants en 1800, ces petits êtres finiront par devenir une vulnérabilité épidémique de la capitale à la veille de la Seconde Guerre mondiale. Quelles furent les configurations historiques qui façonnèrent non seulement cette relation, mais encore leur existence au cours de cette période qui vit naître la ville moderne et dont nous sommes, aujourd'hui, les héritiers ?

Les rats de Paris - livre

 

 

 

 

  • CHRONIQUE N°9 : « QUOI DE NEUF DOCTEUR! »

    Quels sont les microbes qui circulent chez les rats de Paris ? Les rats aussi peuvent s’infecter et certains de leurs microbes sont transmissibles à l’Homme. Il est donc important d’étudier la santé des rats pour prévenir les risques. Plusieurs équipes de scientifiques de l’Institut Pasteur, experts en maladies infectieuses, sont à la recherche de bactéries et virus chez les rats étudiés par le projet ARMAGUEDON. Les prélèvements sont analysés en laboratoire avec des techniques de biologie moléculaire (extraction d’ADN et ARN, PCR et séquençage) ciblant ces microbes. Les agents de la yersiniose entérique, de la maladie de Lyme, de la leptospirose, du typhus ou de la COVID-19 font partie des nombreux microbes recherchés.

Chronique 9 ARMAGUEDON "Quoi de neuf docteur ?"

 

  • CHRONIQUE N°8 :« ÉTUDE ET SUIVI DE LA RÉSISTANCE AUX RATICIDES DES RATS PARISIENS »

    L’ADN génomique permet aussi d’identifier la résistance des rats à certains rodonticides. Au sein d’ARMAGUEDON, une équipe de VetAgroSup s’intéresse au développement de méthodes de diagnostic de résistance ciblées, adaptées et rapides. Cette étude permettra de dresser un état des lieux de la résistance dans Paris intra-muros, pouvant être affiné par arrondissement et par quartier. Cette connaissance favorisera une meilleure gestion des populations de rats en ville et limitera les quantités de molécules raticides dispersées dans l’environnement.

Chronique n°8 ÉTUDE ET SUIVI DE LA RÉSISTANCE AUX RATICIDES DES RATS PARISIENS

 

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  • CHRONIQUE N°7 : « DES GÈNES ET DES RATS »

    Comment évoluent les populations de rats à Paris ? Les outils de la génétique moderne offrent de formidables perspectives pour mieux comprendre la dynamique des populations de rats parisiens et leur évolution passée et présente. A partir de prélèvements, l'ADN (molécule comportant l'information génétique) est extrait en vue de son séquençage. Les chercheurs en génomique de l’ISYEB compareront les séquences ADN obtenues avec l'aide de puissantes méthodes bio-informatiques afin de lever le voile sur les complexes relations génétiques entre les rats des différents arrondissements de Paris.

CHRONIQUE N°7 : « DES GÈNES ET DES RATS »

 

  • Chronique n°6 : «A LA RENCONTRE DES PARISIENS»

En parallèle des suivis écologique et épidémiologique, le projet ARMAGUEDON comprend également un volet social. En effet, il interroge les Parisiens sur leurs perceptions du rat afin de mieux saisir pourquoi ce dernier est parfois si décrié. Les résultats de cette enquête sociale vont permettre d’identifier les différents préjugés à l’encontre du rat et de s’intéresser à ses représentations ancestrales. Par ailleurs, la médiation scientifique auprès du grand public permet d’apporter des connaissances souvent méconnues sur le rat, de déconstruire certaines légendes urbaines et de communiquer sur des faits scientifiques fondés.

Armaguedon chronique 6 - A la rencontre des parisiens

 

  • Chronique n°5 : "COMPTAGE DE RATS !!"

L’itinéraire-comptage est une méthode que nous utilisons en plus des méthodes de piégeages pour estimer l’abondance des rats. Cette technique est basée sur le comptage des rats observés

au cours d’une marche lente et constante le long d’un itinéraire-transect. A chaque observation d’un rat, la distance perpendiculaire à l’axe de l’itinéraire est relevée, et détermine une « fonction de détection »

qui permet de calculer une bande au-delà de laquelle la probabilité de voir un rat devient nulle. En multipliant la largeur de cette bande par la longueur de l’itinéraire, il est possible de calculer une surface.

A partir de cette surface, et du nombre de rats qui y est recensé, des modélisations

statistiques permettent de déterminer une densité en nombre de rats par unité de surface.

ARMAGUEDON Chronique 5 comptage de rats

 

  • Chronique  n°4 : "FACE DE RATS !!"

En complément de la CMR, nous effectuons un suivi des rythmes d'activités des rats sur nos sites de piégeage à l'aide de pièges photographiques. Lorsque l'appareil détecte un mouvement devant lui, il enregistre une vidéo horodatée de quelques secondes. En plus de nous permettre d'avoir une meilleure idée de l'emploi du temps de nos rats, cette technique nous permet aussi de mieux connaître la faune présente sur nos différents sites d'étude. Il n'est ainsi pas rare de retrouver des mulots et des hérissons sur les vidéos, ainsi que des poules d'eau, des écureuils et des fouines!

Chronique ARMAGUEDON N°4 : " FACE DE RATS ! "

 

  • Chronique n°3 : "BAGUE AU RAT !!"

Les pièges non vulnérants contribuent à d'importantes recherches sur l'évolution, l'écologie et le comportement animal puisqu’ils permettent d’appliquer la méthode de capture-marquage-recapture (CMR). La CMR consiste à capturer l’animal, à l’équiper d’une petite bague métallique à l’oreille pour l’identifier puis à le relâcher pour pouvoir potentiellement le recapturer. Cette méthode permet d’obtenir des informations sur l’espace utilisé par les individus en associant des statistiques modernes à des données biologiques pour un suivi précis des individus. De plus,  la méthode CMR est très efficace pour définir la dynamique de populations et effectuer par conséquent un suivi de populations.

Chronique n°3 : "BAGUE AU RAT !"

 

  • Chronique n°2 : "Fait comme un rat !!"

Pour effectuer notre suivi écologique du rat brun Rattus norvegicus en ville, nous utilisons différents types de pièges non-vulnérants pour capturer vivant les individus : 1.des pièges grillagés à ressort ou à bascule, 2.des pièges plus petits de type INRA. Chaque piège est abrité des intempéries pour éviter tout risque d’hypothermie, et garni de paille afin que les animaux captifs puissent se constituer un abri végétal. Ces sessions de piégeage nous offre l’opportunité unique de collecter des données sur l’état physique des individus et sur leurs déplacements.

 

 

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  • Chronique n°1 : « C’est le terrain qui commande !! »

Depuis la mi-mars, l'équipe du projet ANR ARMAGUEDON enchaine les sessions de terrain en utilisant plusieurs méthodes d’estimation de l’abondance des populations de rats en ville par piégeage, Capture-Marquage-Recapture (CMR), pièges photographiques (Camera Trapping - CT) et itinéraires comptages (IC). Au programme : des levers très matinaux, respirez avec les arbres, des rencontres inattendues et une vie d’équipe qui s’organise.

Chronique ARMAGUEDON N°1 : « C’est le terrain qui commande !!

 

           

 

        

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Published on: 23/02/2021 10:39 - Updated on: 19/02/2024 08:35