Atelier de photonique 2D-3D

Les méthodes de reconstruction 3D issue de l’imagerie conventionnelle (optique, cohérence optique, apotome Zeiss ou lumière dite déstructurée) et non conventionnelles (CT-Scan et synchrotron, certains MEB ou MET, Confocal laser, fluorescence) deviennent incontournables et sont utilisées au sein de l’UMR. Le MNHN possède une nouvelle plateforme de microscopie confocale laser et Apotome Zeiss produisant des images 3D installée au CEMIM et géré par la Plateforme analytique du MNHN.

Afin de permettre la montée en puissance de cette utilisation, l’UMR c’est doté d’un atelier 3D permettant la reconstruction informatique des modèles issus de ce type d’imagerie. Il s’agit de 2 postes  informatiques :  un Mac Pro 32Go, un Dell  T79100 256Go équipés des logiciels AVIZO, Image J (FIJI), de différents logiciels d’imagerie (Adobe, etc ), d’une tablette graphique grand format.

Notre atelier est prêt à accueillir les images de toutes les plateformes produisant des images 3D, et est complémentaire de celui de l’UMS 2700, dévolu au CT-Scan AST-RX dans le cadre duquel sont dispensées des formations (FIJI, Avizo).

Responsable : Romain Garrouste (garroust@mnhn.fr)

Publications récentes :

Jacquelin et al. (2018) New insights on basivenal sclerites using 3D tools and homology of wing veins in dragonflies and griffenflies (Insecta: Odonatoptera). Nature Sc. Reports 8:238 | DOI:10.1038/s41598-017-18615-0 1

Desutter-Grandcolas, L. et al. (2017) 3-D imaging reveals four extraordinary cases of convergent evolution of acoustic communication in crickets and allies (Insecta). Nature Sci. Rep. 7(1), 1–8

Garrouste R. (2017) La réalité virtuelle pour mieux apprécier les sciences du vivant. The Conversation.fr

Garrouste R. (2016) La nature en 3D : l'histoire naturelle passe au numérique. The conversation.fr

Chassot J.M., Garrouste R., Boistel R., Nel P., Nel A., Azar D.(2016): A new 3D imaging method for micropaleontology in ambers and entomology using basic light source: the Full Field Optical Coherence Tomography (FF-OCT). FOSSIL 3X (The 7th International Conference on Fossil Insects, Arthropods and Amber), Edinbourg, National Museum of Scotland

Garrouste R., Garrouste C. (2016): De la 2D à la 3D dans l’imagerie des sciences naturelles et la paléontologie. L’exemple des insectes fossiles: méthodes, attentes et futurs. Les images du numérique. Histoires et futurs des images produites par ordinateur, Ecole Nationale Supérieure des Arts Décoratifs (EnsAD)

Figure1. Wing venation and basivenales of Aeshna isosceles. (a) 3D modeling of wing venation usting XMT, view from above. (b) 3D modeling of wing venation using XMT, view from below. (c) Transparent magnification of anterior part, view form above. (d) Transparent magnification of anterior part, view form below. Scale bars = 1mm (copyright L.J.)

Credits

copyright L.J.

Figure : reconstitution 3D des nervures de la base de l’aile d’Aeshna isoceles

In Jacquelin et al. 2018