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Institutional affiliations MNHN-CNRS-SU-EPHE-UA
MCAM is a laboratory under the dual supervision of the CNRS (INEE) and the National Museum of Natural History.
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Xie Ruopeng, Adam Dillon, Hu Shu, Cowling Benjamin, Gascuel Olivier, Zhukova Anna & Dhanasekaran Vijaykrishna, July 2024 — Deep learning of SARS-CoV-2 outbreak phylodynamics with contact tracing data. Deep learning has emerged as a powerful tool for phylodynamic analysis, addressing common computational limitations affecting… , , Type: 10.1101/2024.06.10.24308687
https://pasteur.hal.science/pasteur-04638422
Percot A., Maurel M.C., Lambert J.F. & Zins E.L., 2024 — New insights into the Surface Enhanced Raman Scattering (SERS) response of adenine using chemometrics. Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy vol. 314, , p. 124177
ISSN
13861425
https://dx.doi.org/10.1016/j.saa.2024.124177
Prediger Carolina, Ferreira Erina, Zorzato Samara, Hua-Van Aurélie, Klasson Lisa, Miller Wolfgang, Yassin Amir & Madi-Ravazzi Lilian, 2024 — Saltational Episodes of Reticulate Evolution in the Drosophila saltans Species Group. Phylogenomics reveals reticulate evolution to be widespread across taxa, but whether reticulation is due to low statistical… Molecular Biology and Evolution vol. 41, n° 12, msae250 Accession Number: 39661651 ISBN: 0737-4038 Publisher: Oxford University Press (OUP) Type: 10.1093/molbev/msae250
https://hal.science/hal-04910623
Percot Aline, Mahieddine Farah, Yano Hajime, Hasegawa Sunao, Tabata Makoto, Yamagishi Akihiko, Mita Hajime, Paredes-Arriaga Alejandro, Maurel Marie-Christine, Lambert Jean-François, Baklouti Donia & Zins Emilie-Laure, April 2024 — Surface-Enhanced Raman Spectroscopy (SERS) for Identifying Traces of Adenine in Organic-Bearing Extraterrestrial Dust Analogs Captured in the Tanpopo Aerogel after Hypervelocity Impacts. Raman spectroscopy is a non-destructive analytical technique for characterizing organic and inorganic materials with spatial… Gels vol. 10, n° 4, p. 249 ISBN: 2310-2861 Publisher: MDPI Type: 10.3390/gels10040249
https://dx.doi.org/10.3390/gels10040249
Xie Ruopeng, Adam Dillon C, Hu Shu, Cowling Benjamin J, Gascuel Olivier, Zhukova Anna & Dhanasekaran Vijaykrishna, 2024 — Integrating contact tracing data to enhance outbreak phylodynamic inference: a deep learning approach. Molecular Biology and Evolution , , msae232
ISSN
0737-4038, 1537-1719
https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msae232
Morel Marie, Zhukova Anna, Lemoine Frédéric & Gascuel Olivier, 2024 — Accurate Detection of Convergent Mutations in Large Protein Alignments with ConDor. Abstract Evolutionary convergences are observed at all levels, from phenotype to DNA and protein sequences, and changes at… Genome Biology and Evolution vol. 16, n° 4, evae040
ISSN
1759-6653
https://dx.doi.org/10.1093/gbe/evae040
Gascuel O. & Lemoine F., 2024 — « Measures of Branch Support in Phylogenetics » in Models and Methods for Biological Evolution.. , , p. 213-234
ISBN
978-1-78945-069-9
https://www.iste.co.uk/book.php?id=2117
Lemoine Frédéric & Gascuel Olivier, 2024 — The Bayesian Phylogenetic Bootstrap, Application to Short Trees and Branches. Molecular Biology and Evolution , , msae238
ISSN
0737-4038, 1537-1719
https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msae238
Ferreira Erina, Moore Cathy, Ogereau David, Suwalski Arnaud, Prigent Stéphane, Rogers Rebekah & Yassin Amir, 2024 — Genomic islands of divergence between Drosophila yakuba subspecies are predominantly driven by chromosomal inversions and the recombination landscape. During the early stages of local adaptation and speciation, genetic differences tend to accumulate at certain regions of the… Molecular Ecology vol. 34, n° 3, ISBN: 0962-1083 Publisher: Wiley Type: 10.1111/mec.17627
https://hal.science/hal-04910597
Chantepie Stéphane, Charmantier Anne, Delahaie Boris, Adriaensen Frank, Matthysen Erik, Visser Marcel, Álvarez Elena, Barba Emilio, Orell Markku, Sheldon Ben, Ivankina Elena, Kerimov Anvar, Lavergne Sébastien & Teplitsky Céline, 2024 — Divergence in evolutionary potential of life history traits among wild populations is predicted by differences in climatic conditions. Evolution Letters vol. 8, n° 1, p. 29-42 Publisher: Wiley Open Access tex.hal_id: hal-04548215 tex.hal_version: v1
https://dx.doi.org/10.1093/evlett/qrad067
Barilar Ivan, Fernando Tatiana, Utpatel Christian, Abujate Cláudio, Madeira Carla Maria, José Benedita, Mutaquiha Claudia, Kranzer Katharina, Niemann Tanja, Ismael Nalia, De Araujo Leonardo, Wirth Thierry, Niemann Stefan & Viegas Sofia, 2024 — Emergence of bedaquiline-resistant tuberculosis and of multidrug-resistant and extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains with rpoB Ile491Phe mutation not detected by Xpert MTB/RIF in Mozambique: a retrospective observational study. The Lancet Infectious Diseases vol. 24, n° 3, p. 297-307
ISSN
14733099
https://dx.doi.org/10.1016/S1473-3099(23)00498-X
Bastide Héloïse, Legout Hélène, Dogbo Noé, Ogereau David, Prediger Carolina, Carcaud Julie, Filée Jonathan, Garnery Lionel, Gilbert Clément, Marion-Poll Frédéric, Requier Fabrice, Sandoz Jean-Christophe & Yassin Amir, February 2024 — The genome of the blind bee louse fly reveals deep convergences with its social host and illuminates Drosophila origins. Social insects nests harbor intruders known as inquilines,1 which are usually related to their host.2,3 However, distant non… Current Biology - CB vol. 34, n° 5, 1122–1132.e5 ISBN: 0960-9822 Publisher: Elsevier Type: 10.1016/j.cub.2024.01.034
https://hal.science/hal-04452751
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By authors

  • Stéphane CHANTEPIE
  • Olivier GASCUEL
  • Marie-Christine MAUREL
  • Stefan NIEMANN
  • Thierry WIRTH
  • Amir YASSIN

Year

  • (-) 2024

Affiliation entity

  • (-) Phylogénomique, phylodynamique et interactions hôtes-pathogènes (PhyloPath)

Affiliation organism

  • CNRS
  • EPHE-PSL
  • Sorbonne Université

Status

A research group
EPHE-PSL
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