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Institutional affiliations MNHN-CNRS-SU-EPHE-UA
MCAM is a laboratory under the dual supervision of the CNRS (INEE) and the National Museum of Natural History.
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L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité
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Baltzis Athanasios, Santus Luisa, Langer Björn E., Magis Cedrik, De Vienne Damien M., Gascuel Olivier, Mansouri Leila & Notredame Cedric, 2025 — multistrap: boosting phylogenetic analyses with structural information. Nature Communications vol. 16, n° 1, p. 293
ISSN
2041-1723
https://dx.doi.org/10.1038/s41467-024-55264-0
Togkousidis Anastasis, Stamatakis Alexandros & Gascuel Olivier, 2025 — Accelerating Maximum Likelihood Phylogenetic Inference via Early Stopping to Evade (Over-)optimization. Systematic Biology , , syaf043
ISSN
1063-5157, 1076-836X
https://dx.doi.org/10.1093/sysbio/syaf043
Zhukova Anna & Gascuel Olivier, 2025 — Accounting for contact tracing in epidemiological birth-death models. PLOS Computational Biology vol. 21, n° 5, e1012461
ISSN
1553-7358
https://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1012461
Xie Ruopeng, Adam Dillon, Hu Shu, Cowling Benjamin, Gascuel Olivier, Zhukova Anna & Dhanasekaran Vijaykrishna, July 2024 — Deep learning of SARS-CoV-2 outbreak phylodynamics with contact tracing data. Deep learning has emerged as a powerful tool for phylodynamic analysis, addressing common computational limitations affecting… , , Type: 10.1101/2024.06.10.24308687
https://pasteur.hal.science/pasteur-04638422
Bastide Héloïse, Legout Hélène, Dogbo Noé, Ogereau David, Prediger Carolina, Carcaud Julie, Filée Jonathan, Garnery Lionel, Gilbert Clément, Marion-Poll Frédéric, Requier Fabrice, Sandoz Jean-Christophe & Yassin Amir, February 2024 — The genome of the blind bee louse fly reveals deep convergences with its social host and illuminates Drosophila origins. Social insects nests harbor intruders known as inquilines,1 which are usually related to their host.2,3 However, distant non… Current Biology - CB vol. 34, n° 5, 1122–1132.e5 ISBN: 0960-9822 Publisher: Elsevier Type: 10.1016/j.cub.2024.01.034
https://hal.science/hal-04452751
Gascuel O. & Lemoine F., 2024 — « Measures of Branch Support in Phylogenetics » in Models and Methods for Biological Evolution.. , , p. 213-234
ISBN
978-1-78945-069-9
https://www.iste.co.uk/book.php?id=2117
Ferreira Erina, Moore Cathy, Ogereau David, Suwalski Arnaud, Prigent Stéphane, Rogers Rebekah & Yassin Amir, 2024 — Genomic islands of divergence between Drosophila yakuba subspecies are predominantly driven by chromosomal inversions and the recombination landscape. During the early stages of local adaptation and speciation, genetic differences tend to accumulate at certain regions of the… Molecular Ecology vol. 34, n° 3, ISBN: 0962-1083 Publisher: Wiley Type: 10.1111/mec.17627
https://hal.science/hal-04910597
Morel Marie, Zhukova Anna, Lemoine Frédéric & Gascuel Olivier, 2024 — Accurate Detection of Convergent Mutations in Large Protein Alignments with ConDor. Abstract Evolutionary convergences are observed at all levels, from phenotype to DNA and protein sequences, and changes at… Genome Biology and Evolution vol. 16, n° 4, evae040
ISSN
1759-6653
https://dx.doi.org/10.1093/gbe/evae040
Lemoine Frédéric & Gascuel Olivier, 2024 — The Bayesian Phylogenetic Bootstrap, Application to Short Trees and Branches. Molecular Biology and Evolution , , msae238
ISSN
0737-4038, 1537-1719
https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msae238
Xie Ruopeng, Adam Dillon C, Hu Shu, Cowling Benjamin J, Gascuel Olivier, Zhukova Anna & Dhanasekaran Vijaykrishna, 2024 — Integrating contact tracing data to enhance outbreak phylodynamic inference: a deep learning approach. Molecular Biology and Evolution , , msae232
ISSN
0737-4038, 1537-1719
https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msae232
Prediger Carolina, Ferreira Erina, Zorzato Samara, Hua-Van Aurélie, Klasson Lisa, Miller Wolfgang, Yassin Amir & Madi-Ravazzi Lilian, 2024 — Saltational Episodes of Reticulate Evolution in the Drosophila saltans Species Group. Phylogenomics reveals reticulate evolution to be widespread across taxa, but whether reticulation is due to low statistical… Molecular Biology and Evolution vol. 41, n° 12, msae250 Accession Number: 39661651 ISBN: 0737-4038 Publisher: Oxford University Press (OUP) Type: 10.1093/molbev/msae250
https://hal.science/hal-04910623
Rice Gavin, David Jean, Gompel Nicolas, Yassin Amir & Rebeiz Mark, March 2023 — Resolving Between Novelty and Homology in the Rapidly Evolving Phallus of Drosophila. The genitalia present some of the most rapidly evolving anatomical structures in the animal kingdom, possessing a variety of… Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution vol. 340, n° 2, p. 182-196 ISBN: 1552-5007 Publisher: Wiley Type: 10.1002/jez.b.23113
https://hal.science/hal-03444389
Zhukova Anna, Hecht Frédéric, Maday Yvon & Gascuel Olivier, 2023 — Fast and Accurate Maximum-Likelihood Estimation of Multi-Type Birth-Death Epidemiological Models from Phylogenetic Trees. Abstract Multi-type birth-death (MTBD) models are phylodynamic analogies of compartmental models in classical epidemiology… Systematic Biology , , syad059
ISSN
1063-5157, 1076-836X
https://dx.doi.org/10.1093/sysbio/syad059
Zhukova Anna, Dunn David & Gascuel Olivier, 2023 — Modeling Drug Resistance Emergence and Transmission in HIV-1 in the UK. A deeper understanding of HIV-1 transmission and drug resistance mechanisms can lead to improvements in current treatment… Viruses vol. 15, n° 6, p. 1244
ISSN
1999-4915
https://dx.doi.org/10.3390/v15061244
Tremeaux Pauline, Lemoine Frederic, Melard Adeline, Gousset Marine, Boufassa Faroudy, Orr Sylvie, Monceaux Valerie, Gascuel Olivier, Lambotte Olivier, Hocqueloux Laurent, Saez-Cirion Asier, Rouzioux Christine, Avettand-Fenoel Veronique & Cohort CODEX VISCONTI ANRS, 2023 — In-depth characterization of full-length archived viral genomes after nine years of posttreatment HIV control. MICROBIOLOGY SPECTRUM vol. 11, n° 1, tex.earlyaccessdate: JAN 2023 tex.orcid-numbers: Saez-Cirion, Asier/0000-0003-2406-7536 Avettand-Fenoel, Veronique/0000-0002-7022-2990 TREMEAUX, Pauline/0000-0001-8783-9885 tex.researcherid-numbers: avettand-fenoel, veronique/A-4707-2012 Saez-Cirion, Asie
ISSN
2165-0497
https://dx.doi.org/10.1128/spectrum.03267-22
Zaharias Paul, Lemoine Frédéric & Gascuel Olivier, 2023 — Robustness of Felsenstein’s versus Transfer Bootstrap Supports with respect to Taxon Sampling. Abstract The bootstrap method is based on resampling sequence alignments and re-estimating trees. Felsenstein’s bootstrap… Systematic Biology vol. 72, n° 6, syad052
ISSN
1063-5157, 1076-836X
https://dx.doi.org/10.1093/sysbio/syad052
Catanzaro Daniele, Frohn Martin, Gascuel Olivier & Pesenti Raffaele, 2023 — A massively parallel branch-&-bound algorithm for the balanced minimum evolution problem. Computers & Operations Research vol. 158, , p. 106308
ISSN
03050548
https://dx.doi.org/10.1016/j.cor.2023.106308
Voznica J., Zhukova A., Boskova V., Saulnier E., Lemoine F., Moslonka-Lefebvre M. & Gascuel O., December 2022 — Deep learning from phylogenies to uncover the epidemiological dynamics of outbreaks. Nature Communications vol. 13, n° 1, p. 3896
ISSN
2041-1723
https://dx.doi.org/10.1038/s41467-022-31511-0
Catanzaro Daniele, Frohn Martin, Gascuel Olivier & Pesenti Raffaele, July 2022 — A tutorial on the balanced minimum evolution problem. EUROPEAN JOURNAL OF OPERATIONAL RESEARCH vol. 300, n° 1, p. 1-19 tex.earlyaccessdate: FEB 2022 tex.eissn: 1872-6860 tex.orcid-numbers: Catanzaro, Daniele/0000-0001-9427-1562 Pesenti, Raffaele/0000-0001-5890-4238 GASCUEL, Olivier/0000-0002-9412-9723 Frohn, Martin/0000-0002-5002-4049 tex.researcherid-numbers: Frohn, Mart
ISSN
0377-2217
https://dx.doi.org/10.1016/j.ejor.2021.08.004
Voznica J., Zhukova A., Boskova V., Saulnier E., Lemoine F., Moslonka-Levebvre M. & Gascuel O., 2022 — Deep learning from phylogenies to uncover the epidemiological dynamics of outbreaks. Nature Communications , n° 3896,
https://dx.doi.org/https://doi.org/10.1038/s41467-022-31511-0
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  • Didier AURELLE
  • Vincent DEBAT
  • Olivier GASCUEL
  • GERBAULT-SEUREAU Michèle
  • Philippe GRANDCOLAS
  • Alexandre HASSANIN
  • Frédéric LEGENDRE
  • Marie-Christine MAUREL
  • Stefano MONA
  • Romain NATTIER
  • André NEL
  • Roseli PELLENS
  • Tony ROBILLARD
  • Amir YASSIN
  • Paul ZAHARIAS

Year

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  • 2013
  • 2012
  • 2011
  • 2010

Affiliation entity

  • 161
  • Evolution fonctionnelle et Taxonomie (EvoFoncT)
  • Exploration, Espèces et Evolution (3E)
  • Interactions et Evolution Végétale et Fongique (INEVEF)
  • (-) Phylogénomique, phylodynamique et interactions hôtes-pathogènes (PhyloPath)
  • Systématique, Phylogéographie, Évolution, Conservation (SPEC)

Affiliation organism

  • EPHE-PSL
  • MNHN
  • Sorbonne Université
  • (-) CNRS

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