Projet Funif-Col

1. Introduction 

Pour de très nombreuses espèces fongiques, il n’existe toujours pas à l’heure actuelle de séquences moléculaires de référence dites de « code-barre moléculaires » (Barcoding DNA). Dans de nombreux cas, les types nomenclaturaux définissant les espèces françaises n’ont pas été séquencés. Les concepts phylogénétiques de ces espèces sont dès lors actuellement basés, souvent erronément, à partir d’autres échantillons que le type nomenclatural. Les séquences obtenues à partir de ces échantillons étant souvent de mauvaise qualité voire parfois mal identifiée par les auteurs sur les bases de données internationales, il est de facto urgent de séquencer l’ensemble des types fongiques français, afin de disposer de codes-barres moléculaires fiables. 

Le projet « Funif-Col » (2023-2026) se propose donc, pour les espèces initialement décrites de France (environ 3000 espèces de macromycètes), de produire ces séquences code-barres de référence (séquences ITS et LSU) sur des échantillons par ailleurs conservés ultérieurement à l’herbier national au sein d’une collection dédiée au projet. Pour ce faire, nous séquencerons les échantillons type des collections publiques (Paris en particulier), ainsi que ceux des herbiers des mycologues amateurs français ralliés au programme par nos soins. Si ces échantillons types sont inexistants ou inexploitables pour l’extraction d’ADN, nous nous appuierons également sur le réseau amateur des Fédérations et des Associations mycologiques pour récolter des échantillons frais dans les localités types, en vue de processus de néotypification et/ou d’épitypification. Les séquences de référence produites dans le cadre du projet Funif-Col, qui se veut public et participatif, seront ensuite déposées sur les bases de données internationales accessibles à tous. 

2. Objectifs principaux du projet

Problématique n°1 : La plupart des espèces originellement décrites de France sont non-identifiables par l’approche moléculaire

• 1^er objectif : Obtention de séquences génétiques de référence pour l’ensemble de ces taxons (ITS, LSU)
• 2^ème objectif : Recherche et désignation de candidats types (néo- et épitypification)

Problématique n°2  : Absence de collaboration entre chercheurs et amateurs

• 3^ème objectif : Création d’un réseau collaboratif « fongique » national

3. Comment participer ?

1. Participation citoyenne (mycologues amateurs, associations mycologiques, conservatoire botanique national, etc.) :

   2. Stages étudiants : mail à matthieu.jerusalem@mnhn.fr (Stage axé sur une formation à la biologie moléculaire, gestion de collections et traitement de données biologiques) 

4. Mission de terrain et conférences données sur le projet

1.Année 2023 :

• Congrès FMBDS 2023 à Arvillard (21/09/2023 au 24/09/2023)
• 71^èmes Mycologiades internationales de Bellême (28/09/2023 au 01/10/2023) 
• 15^èmes Journées Mycologiques et lichenologiques de Haute-Auvergne à Riom-ès-Montagnes (02/10/2023 au 08/10/2023)
• Congrès de la Société Mycologique de France 2023 à Haguenau (09/10/2023 au 14/10/2023)
• 35^èmes Sessions Aphyllophiles à Oberbronn-Les-Bains (14/10/2023 au 21/10/2023)

2. Année 2024 (en cours)

• Conférence annuelle des fédérations et associations mycologiques (CAFAM 2024) à Saint Bonnet le château (28/05/2024 au 30/05/2024)
• Interventions mycologiques Centre Val-de-Loire à l’Université de Tours (08/06/2024)
• 36^èmes Sessions Aphyllophiles à Bessans (01/09/2024 au 07/09/2024)
• Journées Inter-Associations mycologiques du Sud-Ouest (13/09/2024 au 15/09/2024)
• Automnale du champignon à Saint-Bonnet-le-Froid (03/10/2024 au 07/10/2024)
• Congrès de la Société Mycologique de France 2024 à Riom-ès-Montagnes (07/10/2024 au 13/10/2024)
• Journées mycologiques de l’Estuaire à Piriac-sur-mer (05/11/2024 au 11/11/2024)

• Colloque ID-ADN au muséum National d’Histoire Naturelle de Paris (27/11/2024 au 28/11/2024)

  N’hésitez pas à nous fournir vos dates de congrès ou mission de terrain pour que nous y participions selon nos disponibilités ! 

   

  5. Collaborations scientifiques actuelles 

• Niveau régional et national : Fédérations et associations mycologiques de France, Conservatoire botanique régionaux, Experts taxonomiques locaux et nationaux
• Niveau international : association avec le projet européen FunDive (https://fun-dive.eu/)

6. Financements

 Les responsables du projet Funif-Col remercie chaleureusement les mécènes du projet sans qui ce projet d’intérêt public n’aurait pas la possibilité d’être ! (https://www.mnhn.fr/fr/remerciements-aux-mecenes)

7. Personnes impliquées 

• Matthieu Jérusalem 
• Sundy Maurice 
• Vanessa Invernon 
• Marc-André Selosse
• Bart Buyck

8. Documentations utiles