Charles Bernard soutiendra sa thèse portant sur la communication des bactéries et des virus et dirigée par Philippe Lopez, Eric Bapteste (ISYEB) et Yanyan Li (MCAM).

  • Charles Bernard
  • présentera notamment des méthodes bioinformatiques innovantes pour détecter et prédire les fonctions de nouveaux systèmes de communication dits de "quorum sensing".
 
La soutenance se déroulera  en présentiel et en distanciel le jeudi 20 janvier à 13h30.
 
La soutenance se tiendra dans la salle de conférence TEB (Terre, Environnement, Biodiversité) du campus Jussieu de Sorbonne Université.
Cette salle se situe entre les tours 46 et 56 (à droite de l'entrée principale de Jussieu), au niveau 2. Le contexte sanitaire invitant à la prudence, la soutenance ne sera pas suivie d'un traditionnel pot de thèse.
TEAM AIRE
 
Pour ceux préférant assister à la soutenance à distance, voici les codes zoom pour la visioconférence :
 
Sujet : Soutenance Charles Bernard

Heure : 20 janv. 2022 01:00 PM Paris



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Résumé de la thèse :
Les systèmes de « Quorum Sensing » (QSSs) sont des systèmes génétiques permettant la communication entre cellules ou entre bactériophages. Cette communication est réalisée par l’émission et la détection d’une molécule signal dont la concentration extracellulaire reflète la densité de la population codant le QSS. Les QSSs ont une importance capitale dans la régulation densité-dépendante de processus biologiques clés tels que la virulence, la sporulation ou la formation de biofilms chez les bactéries, la conjugaison chez les plasmides, ou la lysogénie chez les bactériophages tempérés. Néanmoins, la diversité des QSSs demeure largement sous-explorée et il en va de même pour celle des organismes, plasmides et virus codant ces systèmes. Ainsi, beaucoup de comportements microbiens/viraux régulés de façon densité-dépendante restent probablement à découvrir, dont certains pourraient peut-être révolutionner notre vision de l’adaptation microbienne et de la coévolution entre bactéries et leurs éléments génétiques mobiles. Précisément, cette thèse de bioinformatique évolutive explore les diversités phylogénétique et fonctionnelle du processus de détection du quorum par des méthodes d’analyses de génomes et de réseaux appliquées à des éléments génétiques traditionnellement délaissés par ce champ de recherche : génomes de lignées méconnues comme les CPRs et les DPANNs, métagénomes environnementaux, génomes viraux ou encore plasmides. En particulier, cette thèse pose les bases théoriques de l’inférence de réseaux de communication au sein de communautés microbiennes environnementales et inclut le développement d’une nouvelle méthode permettant l’identification de QSSs de type RRNPP (Rap-Rgg-NprR-PlcR-PrgX) non homologues à des QSSs déjà connus. Ce travail révèle notamment les premiers bactériophages bilingues, c’est-à-dire codant deux QSSs appartenant à des familles génétiques différentes ainsi que les premiers bactériophages prédits pour manipuler de façon densité-dépendante la biologie de leur hôte bactérien.
 
Composition du Jury:



Catherine LAROSE (Rapportrice, Ecole Centrale Lyon)

Hélène TOUZET (Rapportrice, Univ. Lille)

Fréderic DEVAUX (Examinateur, Sorbonne Université)

Christophe DESSIMOZ (Examinateur, Univ. Lausanne)

Jonathan FILEE (Examinateur, CNRS Gif)

Eric BAPTESTE (Co-encadrant, MNHN)

Yanyan LI (Co-encadrante, MNHN)

Philippe LOPEZ (Co-encadrant, MNHN)
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Publié le : 14/01/2022 12:06 - Mis à jour le : 17/01/2022 10:02

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