Informations pratiques

Horaires

A 13h45

J'ai le plaisir de vous inviter à ma soutenance de thèse, intitulée "Méta-omique et méta-données environnementales : vers une nouvelle compréhension de la pompe à carbone biologique", le jeudi 26 septembre à 13h45 dans le grand amphithéâtre d'entomologie (au 45 rue Buffon, dans le bâtiment d'entomologie).
 
La soutenance sera suivie d'un pot qui aura lieu à la cafétéria (sous la cantine).
 
Composition du jury
 
  • Mme Cécile Lepère ; Maître de conférences, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, Clermont-Ferrand, Rapportrice
  • Mr Ramiro Logares ; Chercheur, Institut de Ciències del Mar, Barcelone, Rapporteur
  • Mme Emma Rochelle-Newall ; Directrice de recherche IRD, Institut d'Ecologie et des Sciences de l'Environnement, Paris, Examinatrice
  • Mr Stéphane Blain ; Professeur, Laboratoire d'Océanographie Microbienne, Banyuls-sur-mer, Examinateur
  • Mr Christian Tamburini ; Directeur de recherche CNRS, Institut Méditerranéen d'Océanologie, Marseille, Examinateur
  • Mme Lucie Bittner ; Maître de conférences, Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris, Directrice de thèse
  • Mr Lionel Guidi ; Chercheur CNRS, Laboratoire d'Océanographie de Villefranche, Villefranche-sur-Mer Co-encadrant de thèse (invité)
 
Résumé
 
La pompe à carbone biologique comprend la production primaire de matière organique dans la zone euphotique, son export vers les profondeurs et sa reminéralisation. Les acteurs les plus fréquemment cités sont les diatomées en raison de leur contribution à la production primaire et à l’export de carbone et les copépodes pour la production de pelotes fécales. Cependant, la pompe biologique est le résultat d'interactions complexes entre organismes plutôt que de leurs actions indépendantes. En outre, bien qu'il ait été montré que la distribution de taille et la composition minérale du phytoplancton en surface ont une influence significative sur l'intensité de l'export de carbone, on ne sait pas si les données méta-omiques peuvent prédire efficacement les processus de la pompe à carbone biologique. Dans cette thèse, je propose d’abord de revisiter l’étude de la pompe à carbone biologique dans l’océan oligotrophe en définissant des états biogéochimiques de l’océan sur la base de la contribution relative de la production primaire, de l’export de carbone et de l’atténuation du flux dans les stations d’échantillonnage Tara Océans. L'analyse des états en termes de composition et d'interactions microbiennes inférées à partir de données de métabarcoding a révélé que les associations plutôt que la composition microbienne semblent caractériser les états de la pompe à carbone biologique. Ensuite, en utilisant les données méta-omiques et environnementales des expéditions Tara Oceans, je propose pour la première fois de prédire ces états biogéochimiques à partir d'abondances biologiques dérivées d'ADN environnemental, dans l'objectif de fournir une liste de biomarqueurs.
 
Abstract
 
The biological carbon pump encompasses a series of processes including the primary production of organic matter in the surface ocean, its export to deeper waters and its remineralization. The common highlighted actors are diatoms because of their contribution to primary production and carbon export and copepods for their production of fecal pellets. However, the biological pump is the result of complex interactions among organisms rather than their independent actions. Besides, although size distribution and mineral composition of phytoplankton in surface was shown to significantly influence the strength of carbon export, it is unknown whether meta-omic data can efficiently predict the processes of the biological carbon pump. In this thesis, I first propose to revisit the study of the biological carbon pump in the oligotrophic ocean by defining biogeochemical states of the ocean based on the relative contribution of primary production, carbon export and flux attenuation in Tara Oceans sampling stations. The analysis of the states in terms of microbial composition and interactions inferred from metabarcoding data revealed that variation in associations rather than lineages presence seems to drive the states of the biological carbon pump. Then, by using meta-omics and environmental parameters from the Tara Oceans expeditions, I propose the first study trying to predict biogeochemical states from biological abundances derived from environmental DNA, with the goal of providing a list of biomarkers.
 
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Anne-Sophie Benoiston - PhD student

Atelier de bioinformatique

UMR 7205 - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité

Muséum National d’Histoire Naturelle

BC50, bâtiment 139, 45 rue Buffon 75005 Paris
Publié le : 16/09/2019 09:16 - Mis à jour le : 07/10/2019 10:35

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