L'enregistrement du séminaire est disponible : https://youtu.be/blxRjcQM0Fg
Le plancton marin forme un écosystème regroupant des espèces de micro-organismes d'une grande diversité, des bactéries au méduses, qui se déplacent au gré des courants. Ces organismes ont un rôle essentiel dans divers cycle biogéochimiques terrestres et dans la chaîne trophique des océans dont nous dépendons. Récemment, les progrès des outils moléculaires et des technologies de séquençage à haut-débit ont permis d'étudier en profondeur sa diversité, la biogéographie des espèces et leur connectivité via des projets tel que Tara Océans. Malgré tout, les données de référence sont lacunaires.
Durant mes travaux de thèse, mon but a été d’améliorer notre compréhension des structures génétiques du plancton, et comprendre l'effet des facteurs environnementaux. Pour cela, la première étape a été de créer un nouvel outil permettant d'identifier, sans référence, des metavariants species (MVS) via les lectures métagénomiques. Les MVS sont pensés comme la représentation du polymorphisme des espèces. Cette méthode a été appliqué à des échantillons métagénomiques de Tara Océans issues des océans Atlantique, Austral et de la Méditerranée. En étudiant des MVS assignés à des bactéries, des protistes ou du zooplancton, en relation aux facteurs environnementaux, ces travaux auront donc permis, à partir de données métagénomiques, de mieux comprendre la structure des populations du plancton marin.
