Liliana Ballesteros et Rodolphe Rougerie (ISYEB)

Le référentiel national de séquences génétiques (GenRef) est une initiative portée par le Muséum national d’Histoire naturelle, en collaboration avec l’Office français de la biodiversité (OFB). Son objectif est de créer un outil public et libre d’accès permettant de rendre accessibles des séquences ADN de haute qualité associées à des identifications taxonomiques fiables pour les espèces eucaryotes présentes en France hexagonale et en Outre-mer.  GenRef vise à assurer la structuration, la centralisation et la validation des séquences génétiques de référence et de leurs métadonnées en s’appuyant sur des flux de données automatisés et des procédures de validation dédiées. Construit sur la base du référentiel taxonomique national TaxRef, il a pour ambition de garantir l’interopérabilité avec les grandes bases de données internationales où les séquences sont hébergées telles que GenBank, ENA et BOLD. Le fonctionnement proposé pour GenRef repose sur le développement et la mise en œuvre d’un pipeline structuré comprenant : l’interrogation automatique via API des bases de données génétiques et génomiques par des requêtes des taxons issus de TaxRef, l’évaluation automatique de la qualité des séquences, leur classification via un système de notation multicritère, et la validation des identifications par des experts. À terme, GenRef mettra à disposition une plateforme offrant d’un côté un tableau de bord expert pour l’intégration des séquences et le contrôle de qualité, et de l’autre un tableau de bord utilisateur pour l’exploration et l’accès aux séquences.

Ce séminaire inaugural sera l’occasion de présenter les objectifs, les principes de fonctionnement, la structure en cours de mise en place et les perspectives du référentiel, en invitant la communauté scientifique à y contribuer activement.