La présentation est disponible ici : https://youtu.be/-fqydTvsM0g
Résumé :
La génomique est utilisée dans le contexte de la conservation afin de comprendre la réponse de la population d’une espère donnée aux impacts anthropiques (i.e. pêche, changement climatique…) et de leurs conséquences. Le séquençage de génome entier est une série d’approches avec le potentiel de répondre aux questions fondamentales de la biologie de conservation qui ne sont encore résolues. Ces approches incluent le séquençage des individus ou des populations à différent niveaux d’exhaustivités dépendants de la disponibilité d’un génome de référence, et des questions de conservation en jeu. La densité sans précédent des marqueurs disponibles avec le séquençage de génome entier permet la détection des signatures d’adaptation locale et de la sélection naturelle. Des loci identifiés comme sous sélection peuvent être utilisés dans ensembles de marqueurs hors-normes pour tracer la population d’origine d’un individu, et aider sur les programmes de recherche et de monitorage.
Pendant ce séminaire, j’introduirai l’utilité des approches de séquençage de génome entier, et je développerai leurs applications dans ma recherche à propos de la légine australe (Dissostichus mawsoni). La légine australe est la pêche plus lucrative dans la mer australe, arrivant à 21.060 tonnes américaines pêchées pour une valeur de US$500 millions. La pêche de la légine est gérée par la Commission pour la conservation de la faune et la flore marines de l'Antarctique (CCAMLR), qui assurent une pêche durable dans les mers australes avec des approches informées par l’observation des écosystèmes. Alors que le but de ma recherche actuelle est de résoudre des questions ouvertes sur la structure de la population de D. mawsoni dans la mer australe, mon prochain projet élaborera sur les facteurs sous-jacent qui contribuent à l’homogénéité et l'hétérogénéité des populations dans les mers australes. Je décrirai comment l’analyse des données du génome entier est nécessaire pour évaluer l’évolution de la démographie aux différentes échelles de temps, et jusqu’à quel point les signatures de l’adaptation en réponse à la pression imposée par la pêche ou par le changement climatique sont détectables dans le génome de la légine. Enfin, je finirai avec les implications des résultats attendus, d’abord pour la conservation marine informée par la génomique, puis spécifiquement pour la gestion durable de la légine australe par CCAMLR.
A primary goal of conservation genomics is to assess species and population-level responses to human and climate change-driven impacts and their resulting synergies. Whole-genome resequencing encompasses a series of approaches with the potential to address fundamental questions in conservation biology that have not yet been resolved using traditional methods. These approaches include the sequencing of individuals or populations to various depths of coverage, depending on the availability of a reference genome, and the conservation questions addressed. The unprecedented marker density achieved with whole-genome resequencing allows for the detection of signatures of local adaptation and selection. Loci identified as being under selection can be utilized in outlier marker panels to trace population origin and assist with research and monitoring plans.
In this talk, I will introduce the utility of whole-genome resequencing approaches, and elaborate on their application in my own planned research on Antarctic toothfish (Dissostichus mawsoni). Antarctic toothfish are the most lucrative fishery in the Southern Ocean, accounting for 21,060 tons landed in 2018, at a value of over US$ 500 million. The fishery for toothfish is managed by the Commission for the Conservation of Antarctic Marine Living Resources (CCAMLR), which implements sustainable fishing practices in the Southern Ocean using an ecosystem-based approach. While currently working to resolve open questions regarding population structure of D. mawsoni in the Southern Ocean, my next project will elaborate on the underlying factors contributing to population homo- and heterogeneity in the Southern Ocean. I will outline how analysis of whole-genome data will allow me to assess demographic history over glacial and decadal scales, and the extent to which signatures of adaptation in response to fishery or warming pressures are detectable in the toothfish genome. Finally, I will close with the implications of the expected results, both for genomics-informed marine conservation, as well as specifically with respect to CCAMLR’s sustainable management of Antarctic toothfish.
