Guillaume Achaz et Nicolas Puillandre de l'ISYEB

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Depuis l’essor des projets de DNA Barcoding au début des années 2000, il est devenu courant d’utiliser des séquences ADN pour proposer de novo des hypothèses de délimitation d’espèces. Pour se faire, plusieurs méthodes existent, et parmi les plus couramment utilisées, on peut citer GMYC et PTP, deux méthodes basées sur une reconstruction phylogénétique, at ABGD, basée uniquement sur des distances génétiques. Nous avons publié ABGD en 2012, et les nombreux retours des utilisateurs que nous avons reçu depuis nous ont motivés à proposer une autre méthode de délimitation d’espèces, toujours basée sur les distances génétiques, et qui offre une solution aux deux principales limitations souvent citées pour ABGD : la nécessité de définir plusieurs seuils de distances génétiques a priori et arbitraire, et l’absence de probabilité associées aux différentes partitions proposées. La nouvelle méthode, ASAP (pour Assemble Species by Automatic Partitioning), s’affranchit donc de l’utilisation d’un seuil a priori, en balayant l’ensemble des distances génétiques, de la plus petite à la plus grande, et en agglomérant à chaque étape les spécimens en groupes de plus en plus inclusifs. De plus, pour chacune des partitions ainsi proposée, ASAP calcule une probabilité associée, basée sur un modèle de coalescence, elle-même combinée ensuite avec une estimation de la taille du « barcode gap » associé à la distance génétique correspondante à la partition, pour calculer un score qui permet de classer les partitions d’espèces. Cette méthode reste tout aussi rapide qu’ABGD, donc applicable à des grands jeux de données (plusieurs milliers de séquences analysées en quelques minutes), et proposent des partitions au moins aussi correctes que les autres méthodes (ABGD, GMYC, PTP), comme nous l’avons montré avec des jeux de données empiriques et simulés, mais sans aucune connaissance a priori ni reconstruction phylogénétique.