Depuis l’essor des projets de DNA Barcoding au début des années 2000, il est devenu courant d’utiliser des séquences ADN pour proposer de novo des hypothèses de délimitation d’espèces. Pour se faire, plusieurs méthodes existent, et parmi les plus couramment utilisées, on peut citer GMYC et PTP, deux méthodes basées sur une reconstruction phylogénétique, at ABGD, basée uniquement sur des distances génétiques. Nous avons publié ABGD en 2012, et les nombreux retours des utilisateurs que nous avons reçu depuis nous ont motivés à proposer une autre méthode de délimitation d’espèces, toujours basée sur les distances génétiques, et qui offre une solution aux deux principales limitations souvent citées pour ABGD : la nécessité de définir plusieurs seuils de distances génétiques a priori et arbitraire, et l’absence de probabilité associées aux différentes partitions proposées. La nouvelle méthode, ASAP (pour Assemble Species by Automatic Partitioning), s’affranchit donc de l’utilisation d’un seuil a priori, en balayant l’ensemble des distances génétiques, de la plus petite à la plus grande, et en agglomérant à chaque étape les spécimens en groupes de plus en plus inclusifs. De plus, pour chacune des partitions ainsi proposée, ASAP calcule une probabilité associée, basée sur un modèle de coalescence, elle-même combinée ensuite avec une estimation de la taille du « barcode gap » associé à la distance génétique correspondante à la partition, pour calculer un score qui permet de classer les partitions d’espèces. Cette méthode reste tout aussi rapide qu’ABGD, donc applicable à des grands jeux de données (plusieurs milliers de séquences analysées en quelques minutes), et proposent des partitions au moins aussi correctes que les autres méthodes (ABGD, GMYC, PTP), comme nous l’avons montré avec des jeux de données empiriques et simulés, mais sans aucune connaissance a priori ni reconstruction phylogénétique.
L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité est une unité CNRS du Muséum national d’Histoire naturelle de Paris, ayant aussi pour tutelles l’Université Pierre et Marie Curie et l’Ecole Pratique des Hautes Etudes.
L’UMR 7205 a pour objectif de répondre aux questions concernant l’origine de la biodiversité, les modalités de diversification des espèces, la mise en place des communautés animales en lien avec l’évolution spatio-temporelle des taxons. L’unité est un des pôles européens de systématique et contribue de manière importante à la taxonomie et à la biologie de l’évolution. Les approches de systématique phylogénétique privilégiées par l’unité sont intégratives et ont amené la conception d’outils taxonomiques, moléculaires, génétiques, acoustiques, cytogénétiques, morphologiques et morphométriques.
L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB) succède à l’OSEB depuis le 1er Janvier 2014. Les laboratoires de l’Institut se trouvent au Jardin des Plantes dans des bâtiments situés rue Buffon et rue Cuvier (Entomologie, Mammifères et Oiseaux, Malacologie, Botanique, Reptiles-Amphibiens, Géologie).
