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Les tutelles MNHN-CNRS-SU-EPHE-UA

L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité est une unité CNRS du Muséum national d’Histoire naturelle de Paris, ayant aussi pour tutelles l’Université Pierre et Marie Curie et l’Ecole Pratique des Hautes Etudes.

L’UMR 7205 a pour objectif de répondre aux questions concernant l’origine de la biodiversité, les modalités de diversification des espèces, la mise en place des communautés animales en lien avec l’évolution spatio-temporelle des taxons. L’unité est un des pôles européens de systématique et contribue de manière importante à la taxonomie et à la biologie de l’évolution. Les approches de systématique phylogénétique privilégiées par l’unité sont intégratives et ont amené la conception d’outils taxonomiques, moléculaires, génétiques, acoustiques, cytogénétiques, morphologiques et morphométriques.

L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB) succède à l’OSEB depuis le 1er Janvier 2014. Les laboratoires de l’Institut se trouvent au Jardin des Plantes dans des bâtiments situés rue Buffon et rue Cuvier (Entomologie, Mammifères et Oiseaux, Malacologie, Botanique, Reptiles-Amphibiens, Géologie).

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L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité
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Kerner Adeline, Saliba Elie Mario, Vignes-Lebbe Régine, Portier Rémy & Vignes-Lebbe Régine, 2025 — An Xper3 reference guide for taxonomists: a collaborative system for identification keys and descriptive data. European Journal of Taxonomy vol. 987, , p. 281-302 Publisher: Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) tex.hal_id: hal-05039745 tex.hal_version: v1
https://dx.doi.org/10.5852/ejt.2025.987.2875
Kessel Akasha-Leonie, Sahri Soror, Groppe Sven, Groppe Jinghua, Khorashadizadeh Hanieh, Pignal Marc, Perez Pimparé Eva & Vignes-Lebbe Régine, 2025 — Impact of chatbots on user experience and data quality on citizen science platforms. Computers vol. 14, n° 1, p. 21 Publisher: MDPI tex.hal_id: hal-05011370 tex.hal_version: v1
https://dx.doi.org/10.3390/computers14010021
Nainia Ayoub, Vignes-Lebbe Régine, Chenin Eric, Sahraoui Maya, Mousannif Hajar & Zahir Jihad, août 2024 — FloraNER: A new dataset for species and morphological terms named entity recognition in French botanical text. FloraNER is a distantly supervised named entity recognition dataset (NER). The dataset is built from botanical French… Data in Brief vol. 56, , p. 110824 ISBN: 2352-3409 Publisher: Elsevier Type: 10.1016/j.dib.2024.110824
https://hal.science/hal-04692857
Nainia Ayoub, Vignes-Lebbe Régine, Chenin Eric, Sahraoui Maya, Mousannif Hajar & Zahir Jihad, mars 2024 — « A transformer-based nlp pipeline for enhanced extraction of botanical information using camembert on french literature » in 5th international conference on NLP & information retrieval (NLPI 2024).. vol. 14, , p. 59-78 Number: 06 tex.hal_id: hal-04536866 tex.hal_version: v1
https://dx.doi.org/10.5121/csit.2024.140605
Aish A., Saint-Sardos A., Tchakarov N., Bourgoin T., Petit L.M., Sun J.S. & Vignes-Lebbe R., 2024 — « Bioinspire-Explore: Browsing Biodiversity Data for Bioinspiration. 2024. » in Program and abstract book:97.. , ,
Saint-Sardos Adrien, Aish Annabelle, Tchakarov Nikolay, Bourgoin Thierry, Petit Luce-Marie, Sun Jian-Sheng & Vignes-Lebbe Régine, 2024 — Bioinspire-Explore: Taxonomy-Driven Exploration of Biodiversity Data for Bioinspired Innovation. Successful bioinspired design depends on practitioners’ access to biological data in a relevant form. Although multiple open… Biomimetics vol. 9, n° 2, p. 63 Number: 63 tex.eissn: 2313-7673 tex.orcid-numbers: Sun, Jian-Sheng/0000-0003-0614-1931 Bourgoin, Thierry/0000-0001-9277-2478 tex.researcherid-numbers: Bourgoin, Thierry/L-5146-2019 tex.unique-id: WOS:001168354200001
ISSN
2313-7673
https://dx.doi.org/10.3390/biomimetics9020063
Pignal Marc, Bertin Gilles, Chupin Lisa, Perez Pimparé Eva, Klasnja Srdjan, Vignes-Lebbe Regine & Dusoulier Francois, 2024 — Récolnat Annotate-On: a tool to improve your experience with virtual collections. Adansonia - Publications scientifiques du Muséum vol. 46, n° 13, p. 133-148
https://dx.doi.org/10.5252/adansonia2024v46a13
Aish A., Saint-Sardos A., Tchakarov N., Bourgoin T., Petit L.M., Sun J.S. & Vignes-Lebbe R., 2024 — « Bioinspire-Explore: Browsing Biodiversity Data for Bioinspiration. 2024. » in Program and abstract book:97.. , ,
https://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.35297.93288
Saliba Elie Mario, Ohler Annemarie & Vignes-Lebbe Régine, décembre 2023 — Understanding and managing Zoological Nomenclature in the era of Big Data and Open Science, Comprendre et gérer la nomenclature zoologique à l’ère du big data et de la science ouverte. Nomenclature is the discipline of taxonomy responsible for creating and managing the scientific names assigned to categories of… , , Issue: 2023SORUS460
https://theses.hal.science/tel-04402685
Ouassine Younes, Zahir Jihad, Conruyt Noël, Kayal Mohsen, Martin Philippe, Chenin Eric, Bigot Lionel & Vignes Regine, septembre 2023 — « Automatic Coral Detection with YOLO: A Deep Learning Approach for Efficient and Accurate Coral Reef Monitoring » in ECAI 2023 International Workshops.. Coral reefs are vital ecosystems that are under increasing threat due to local human impacts and climate change. Efficient and… vol. 1948, , p. 170-177 Type: 10.1007/978-3-031-50485-3_16
ISBN
978-3-031-50484-6
https://hal.univ-reunion.fr/hal-04526271
Kerner Adeline, Bouquin Sylvain, Portier Rémy & Vignes-Lebbe Régine, octobre 2022 — « The 8 Years of Existence of Xper3: State of the art and future developments of the platform » in TDWG 2021.. vol. 5, , tex.hal_id: hal-03370639 tex.hal_version: v1
https://dx.doi.org/10.3897/biss.5.74250
Bourgoin Thierry, Bailly Nicolas, Zaragueta René & Vignes-Lebbe Régine, 2021 — Complete formalization of taxa with their names, contents and descriptions improves taxonomic databases and access to the taxonomic knowledge they support. Systematics and Biodiversity vol. 19, n° 7, p. 738-746 Publisher: Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles tex.hal_id: mnhn-03232322 tex.hal_version: v1
ISSN
1477-2000, 1478-0933
https://dx.doi.org/10.1080/14772000.2021.1915895
Saliba Elie Mario, Vignes-Lebbe Régine, Dubois Alain & Ohler Annemarie, 2021 — ZooNom : an online thesaurus for alleviating ambiguity in the terminology of zoological nomenclature. Zootaxa vol. 5071, n° 1, p. 42-50 Publisher: Magnolia Press tex.hal_id: hal-03451775 tex.hal_version: v1
ISSN
1175-5334, 1175-5326
https://dx.doi.org/10.11646/zootaxa.5071.1.2
Vignes Regine, 2021 — « Chapitre 6 Collections de bambous du Viet Nam Conservation, informatisation et valorisation pour le développement durable » in Biodiversité des écosystèmes intertropicauxConnaissance, gestion durable et valorisation.. , , p. 113-123 tex.hal_id: mnhn-03938210 tex.hal_version: v1
https://mnhn.hal.science/mnhn-03938210
Saucède Thomas, Eleaume Marc, Jossart Quentin, Moreau Camille, Downey Rachel, Bax Narissa, Sands Chester, Mercado Borja, Gallut Cyril & Vignes-Lebbe Régine, 2020 — Taxonomy 2.0: computer-aided identification tools to assist Antarctic biologists in the field and in the laboratory. Antarctic Science vol. 33, n° 1, p. 1-13 Publisher: Cambridge University Press (CUP) tex.hal_id: hal-03090197 tex.hal_version: v1
ISSN
0954-1020
https://dx.doi.org/10.1017/S0954102020000462
Delaunay Mathilde, Vignes-Lebbe Régine & Nattier Romain, 2019 — How to facilitate the identification of the entomofauna ? : Construction, evaluation and improvement of digital identification keys, Comment faciliter l’identification de l’entomofaune ? : Construction, évaluation et amélioration de clés d’identification. Digital identification keys are effective tools for identifying plants and animals, and are also used in citizen science… , ,
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02868459
Kerner Adeline & Vignes Regine, 2019 — Multi-context knowledge base using calculated descriptors from xper3: the archaeocyaths knowledge base example. Biodiversity Information Science and Standards vol. 3, ,
https://dx.doi.org/10.3897/biss.3.37083
Delaunay Mathilde, Vignes-Lebbe Régine & Nattier Romain, 2019 — How to facilitate the identification of the entomofauna ? : Construction, evaluation and improvement of digital identification keys, Comment faciliter l’identification de l’entomofaune ? : Construction, évaluation et amélioration de clés d.... Digital identification keys are effective tools for identifying plants and animals, and are also used in citizen science… , , X
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02868459
del Rio Cédric, Boura Anaïs, Franceschi Dario De, Tanrattana Mélanie, Vignes Regine, Kerner A. & Bouquin Sylvain, 2018 — « Storage, managment and analysis of morphological data: Xper3 and its utilisation in palaeobotany » in 1st paleontological virtual congress.. , ,
https://hal.science/hal-03160812
Pellen Florian, Bouquin Sylvain, Mougenot Isabelle & Vignes-Lebbe Régine, 2018 — Building an OWL ontology with xper3. Biodiversity Information Science and Standards vol. 2, , e25614
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