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Les tutelles MNHN-CNRS-SU-EPHE-UA

L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité est une unité CNRS du Muséum national d’Histoire naturelle de Paris, ayant aussi pour tutelles l’Université Pierre et Marie Curie et l’Ecole Pratique des Hautes Etudes.

L’UMR 7205 a pour objectif de répondre aux questions concernant l’origine de la biodiversité, les modalités de diversification des espèces, la mise en place des communautés animales en lien avec l’évolution spatio-temporelle des taxons. L’unité est un des pôles européens de systématique et contribue de manière importante à la taxonomie et à la biologie de l’évolution. Les approches de systématique phylogénétique privilégiées par l’unité sont intégratives et ont amené la conception d’outils taxonomiques, moléculaires, génétiques, acoustiques, cytogénétiques, morphologiques et morphométriques.

L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB) succède à l’OSEB depuis le 1er Janvier 2014. Les laboratoires de l’Institut se trouvent au Jardin des Plantes dans des bâtiments situés rue Buffon et rue Cuvier (Entomologie, Mammifères et Oiseaux, Malacologie, Botanique, Reptiles-Amphibiens, Géologie).

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Aish A., Saint-Sardos A., Tchakarov N., Bourgoin T., Petit L.M., Sun J.S. & Vignes-Lebbe R., 2024 — « Bioinspire-Explore: Browsing Biodiversity Data for Bioinspiration. 2024. » in Program and abstract book:97.. , ,
Nainia Ayoub, Vignes-Lebbe Régine, Chenin Eric, Sahraoui Maya, Mousannif Hajar & Zahir Jihad, mars 2024 — « A transformer-based nlp pipeline for enhanced extraction of botanical information using camembert on french literature » in 5th International Conference on NLP & Information Retrieval (NLPI 2024).. This research investigates the untapped wealth of centuries-old French botanical literature, particularly focused on floras,… vol. 14, n° 06, p. 59-78 Type: 10.5121/csit.2024.140605
ISBN
978-1-923107-22-9
https://dx.doi.org/10.5121/csit.2024.140605
del Rio Cédric, Boura Anaïs, Franceschi Dario De, Tanrattana Mélanie, Vignes Regine, Kerner A. & Bouquin Sylvain, décembre 2018 — « Storage, managment and analysis of morphological data: Xper3 and its utilisation in palaeobotany » in 1st paleontological virtual congress.. Classifying and naming taxa is crucial in all biological sciences, and palaeontology is no exception. With the advent of… , ,
https://hal.science/hal-03160812
Pinel Amélie, Bouquin Sylvain, Bourdon Estelle, Kerner Adeline & Vignes-Lebbe Régine, 2017 — Three years of Xper3 assessment: towards sharing semantic taxonomic content of identification keys. Biodiversity Information Science and Standards vol. 1, , e20382
https://dx.doi.org/10.3897/tdwgproceedings.1.20382
Kerner Adeline, Saliba Elie Mario, Bailly Nicolas, Bourgoin Thierry & Vignes-Lebbe Régine, septembre 2024 — « Automatically Generated Texts for Fauna and Flora from Structured Data Based on a Controlled Vocabulary » in SPNHC TDWG 2024.. Biodiversity Information Science and Standards vol. 8, , e134931
ISSN
2535-0897
https://dx.doi.org/10.3897/biss.8.134931
Vignes-Lebbe Régine, Bouquin Sylvain, Kerner Adeline & Bourdon Estelle, 2017 — Desktop or remote knowledge base management systems for taxonomic data and identification keys: Xper2 and Xper3. Biodiversity Information Science and Standards vol. 1, , e19911 ISBN: 2535-0897 Type: 10.3897/tdwgproceedings.1.19911
https://dx.doi.org/10.3897/tdwgproceedings.1.19911
Zhu Yue, Durand Thibaut, Chenin Eric, Pignal Marc, Gallinari Patrick & Vignes-Lebbe Régine, 2017 — Using a deep convolutional neural network for extracting morphological traits from herbarium images. Biodiversity Information Science and Standards vol. 1, , e20400
https://dx.doi.org/10.3897/tdwgproceedings.1.20400
Pignal Marc, Bertin Gilles, Chupin Lisa, Perez Pimparé Eva, Klasnja Srdjan, Vignes-Lebbe Regine & Dusoulier Francois, 2024 — Récolnat Annotate-On: a tool to improve your experience with virtual collections. Adansonia - Publications scientifiques du Muséum vol. 46, n° 13, p. 133-148
https://dx.doi.org/10.5252/adansonia2024v46a13
Kerner Adeline & Vignes Regine, 2019 — Multi-context knowledge base using calculated descriptors from xper3: the archaeocyaths knowledge base example. Biodiversity Information Science and Standards vol. 3, , ISBN: 2535-0897 Type: 10.3897/biss.3.37083
https://dx.doi.org/10.3897/biss.3.37083
Pellen Florian, Bouquin Sylvain, Mougenot Isabelle & Vignes-Lebbe Régine, 2018 — Building an OWL ontology with xper3. Biodiversity Information Science and Standards vol. 2, , e25614
https://dx.doi.org/10.3897/biss.2.25614
Nainia Ayoub, Vignes-Lebbe Régine, Chenin Eric, Sahraoui Maya, Mousannif Hajar & Zahir Jihad, août 2024 — FloraNER: A new dataset for species and morphological terms named entity recognition in French botanical text. FloraNER is a distantly supervised named entity recognition dataset (NER). The dataset is built from botanical French… Data in Brief vol. 56, , p. 110824 ISBN: 2352-3409 Type: 10.1016/j.dib.2024.110824
https://hal.science/hal-04692857
Aish A., Saint-Sardos A., Tchakarov N., Bourgoin T., Petit L.M., Sun J.S. & Vignes-Lebbe R., 2024 — « Bioinspire-Explore: Browsing Biodiversity Data for Bioinspiration. 2024. » in Program and abstract book:97.. , ,
https://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.35297.93288
Saint-Sardos Adrien, Aish Annabelle, Tchakarov Nikolay, Bourgoin Thierry, Petit Luce-Marie, Sun Jian-Sheng & Vignes-Lebbe Régine, 2024 — Bioinspire-Explore: Taxonomy-Driven Exploration of Biodiversity Data for Bioinspired Innovation. Successful bioinspired design depends on practitioners’ access to biological data in a relevant form. Although multiple open… Biomimetics vol. 9, n° 2, p. 63 Number: 63 tex.eissn: 2313-7673 tex.orcid-numbers: Sun, Jian-Sheng/0000-0003-0614-1931 Bourgoin, Thierry/0000-0001-9277-2478 tex.researcherid-numbers: Bourgoin, Thierry/L-5146-2019 tex.unique-id: WOS:001168354200001
ISSN
2313-7673
https://dx.doi.org/10.3390/biomimetics9020063
Ouassine Younes, Zahir Jihad, Conruyt Noël, Kayal Mohsen, Martin Philippe, Chenin Eric, Bigot Lionel & Vignes Regine, septembre 2023 — « Automatic Coral Detection with YOLO: A Deep Learning Approach for Efficient and Accurate Coral Reef Monitoring » in ECAI 2023 International Workshops.. Coral reefs are vital ecosystems that are under increasing threat due to local human impacts and climate change. Efficient and… vol. 1948, , p. 170-177 Type: 10.1007/978-3-031-50485-3_16
ISBN
978-3-031-50484-6
https://hal.univ-reunion.fr/hal-04526271
Saliba Elie Mario, Ohler Annemarie & Vignes-Lebbe Régine, décembre 2023 — Understanding and managing Zoological Nomenclature in the era of Big Data and Open Science, Comprendre et gérer la nomenclature zoologique à l’ère du big data et de la science ouverte. Nomenclature is the discipline of taxonomy responsible for creating and managing the scientific names assigned to categories of… , , Issue: 2023SORUS460
https://theses.hal.science/tel-04402685
Delaunay Mathilde, Vignes-Lebbe Régine & Nattier Romain, 2019 — How to facilitate the identification of the entomofauna ? : Construction, evaluation and improvement of digital identification keys, Comment faciliter l’identification de l’entomofaune ? : Construction, évaluation et amélioration de clés d’identification. Digital identification keys are effective tools for identifying plants and animals, and are also used in citizen science… , ,
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02868459
Kessel Akasha-Leonie, Sahri Soror, Groppe Sven, Groppe Jinghua, Khorashadizadeh Hanieh, Pignal Marc, Perez Pimparé Eva & Vignes-Lebbe Régine, 2025 — Impact of chatbots on user experience and data quality on citizen science platforms. Computers vol. 14, n° 1, p. 21 tex.hal_id: hal-05011370 tex.hal_version: v1
https://dx.doi.org/10.3390/computers14010021
Kerner Adeline, Saliba Elie, Vignes-Lebbe Régine, Portier Rémy & Vignes-Lebbe Régine, 2025 — An Xper3 reference guide for taxonomists: a collaborative system for identification keys and descriptive data. The Xper3 software enables collaborative management of descriptive data on taxa. This paper focuses on the essential… European Journal of Taxonomy vol. 987, , p. 281-302 Type: 10.5852/ejt.2025.987.2875
https://dx.doi.org/10.5852/ejt.2025.987.2875
Nainia Ayoub, Vignes-Lebbe Régine, Mousannif Hajar & Zahir Jihad, septembre 2025 — « F-LoRA-QA: Finetuning LLaMA Models with Low-Rank Adaptation for French Botanical Question Generation and Answering » in International Conference Recent Advances in Natural Language Processing (RANLP 2025).. Despite recent advances in large language models (LLMs), most question-answering (QA) systems remain English-centric and poorly… , , p. 787-796 Type: 10.26615/978-954-452-098-4-091
ISBN
978-954-452-098-4
https://hal.science/hal-05283852
Nainia Ayoub, Vignes-Lebbe Régine, Mousannif Hajar & Zahir Jihad, septembre 2025 — « Beyond BLEU: Ethical Risks of Misleading Evaluation in Domain-Specific QA with LLMs » in Proceedings of the First Workshop on Comparative Performance Evaluation: From Rules to Language Models associated with RANLP 2025.. Large Language Models (LLMs) are increasingly used in scientific question answering (QA), including high-stakes fields such as… , , p. 77-86 Type: 10.26615/978-954-452-102-8_009
ISBN
978-954-452-102-8
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