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Les tutelles MNHN-CNRS-SU-EPHE-UA

L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité est une unité CNRS du Muséum national d’Histoire naturelle de Paris, ayant aussi pour tutelles l’Université Pierre et Marie Curie et l’Ecole Pratique des Hautes Etudes.

L’UMR 7205 a pour objectif de répondre aux questions concernant l’origine de la biodiversité, les modalités de diversification des espèces, la mise en place des communautés animales en lien avec l’évolution spatio-temporelle des taxons. L’unité est un des pôles européens de systématique et contribue de manière importante à la taxonomie et à la biologie de l’évolution. Les approches de systématique phylogénétique privilégiées par l’unité sont intégratives et ont amené la conception d’outils taxonomiques, moléculaires, génétiques, acoustiques, cytogénétiques, morphologiques et morphométriques.

L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB) succède à l’OSEB depuis le 1er Janvier 2014. Les laboratoires de l’Institut se trouvent au Jardin des Plantes dans des bâtiments situés rue Buffon et rue Cuvier (Entomologie, Mammifères et Oiseaux, Malacologie, Botanique, Reptiles-Amphibiens, Géologie).

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Onfroy Audrey, Marin Romuald, López-Villavicencio Manuela, et al. When AI meets structural genome annotation Lessons from Helixer in Lepidoptera. In: Jobim 2026. ; 2026. https://hal.science/hal-05672736.
https://hal.science/hal-05672736
Ledamoisel Joséphine, Dang Andrew, Devilliers Julien, Marvillet Tiphaine, Lemoine Sophie, Lopez-Villavicencio Manuela, Briscoe Adriana, Debat Vincent, et Llaurens Violaine. 2025. Evolution of opsin genes in closely-related species of butterflies specialized in different microhabitats. https://hal.science/hal-05348341.
https://hal.science/hal-05348341
Debat Vincent, López-Villavicencio Manuela, et Llaurens Violaine. 2025. « Evolutionary convergences and divergences in sympatric species: Morpho butterflies as a case study [Convergences et divergences évolutives chez les espèces sympatriques : le cas des papillons Morpho] ». Comptes Rendus. Biologies 348 (juin): 137–148. doi:10.5802/crbiol.178.
ISSN
1768-3238
https://dx.doi.org/10.5802/crbiol.178
Bastide Héloïse, López-Villavicencio Manuela, Ogereau David, Lledo Joanna, Dutrillaux Anne-Marie, Debat Vincent, et Llaurens Violaine. 2023. « Genome assembly of 3 Amazonian Morpho butterfly species reveals Z-chromosome rearrangements between closely related species living in sympatry ». GigaScience 12 (janvier). https://doi.org/10.1093/gigascience/giad033.
https://doi.org/10.1093/gigascience/giad033
Bastide Héloïse, López-Villavicencio Manuela, Ogereau David, Lledo Joanna, Dutrillaux Anne-Marie, Debat Vincent, et Llaurens Violaine. 2023. « Genome assembly of 3 Amazonian Morpho butterfly species reveals Z-chromosome rearrangements between closely related species living in sympatry ». GigaScience 12 (janvier). doi:10.1093/gigascience/giad033.
ISSN
2047-217X
https://dx.doi.org/10.1093/gigascience/giad033
Seudre O, Namias A, Gardena O, Da Silva G, Gouyon PH, et López-Villavicencio M. 2018. « Why outcross? The abandon-ship hypothesis in a facultative outcrossing/selfing fungal species ». FUNGAL GENETICS AND BIOLOGY 120 (janvier): 1–8. doi:10.1016/j.fgb.2018.08.005.
ISSN
1087-1845
https://dx.doi.org/10.1016/j.fgb.2018.08.005
Ropars J, López-Villavicencio M, Snirc A, Lacoste S, et Giraud T. 2017. « Blue cheese-making has shaped the population genetic structure of the mould Penicillium roqueforti ». PLOS ONE 12 (janvier): e0171387. doi:10.1371/journal.pone.0171387.
ISSN
1932-6203
https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0171387
Ropars J, Lo YC, Dumas E, Snirc A, Begerow D, Rollnik T, Lacoste S, Dupont J, Giraud T, et López-Villavicencio M. 2016. « Fertility depression among cheese-making Penicillium roqueforti strains suggests degeneration during domestication ». EVOLUTION 70 (janvier): 2099–2109. doi:10.1111/evo.13015.
ISSN
0014-3820
https://dx.doi.org/10.1111/evo.13015
Ropars J, de la Vega RCR, López-Villavicencio M, Dupont J, Swennen D, Dumas E, Giraud T, et Branca A. 2016. Diversity and Mechanisms of Genomic Adaptation in Penicillium. Aspergillus and Penicillium in the Post-Genomic Era. Caister Academic Press.
ISBN
978-1-910190-39-5
Gillot G, Jany JL, Coton M, Le Floch G, Debaets S, Ropars J, López-Villavicencio M, et al. 2015. « Insights into Penicillium roqueforti Morphological and Genetic Diversity ». PLOS ONE 10 (janvier): e0129849. doi:10.1371/journal.pone.0129849.
ISSN
1932-6203
https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0129849
Ropars J, de la Vega RCR, López-Villavicencio M, Gouzy J, Sallet E, Dumas E, Lacoste S, et al. 2015. « Adaptive Horizontal Gene Transfers between Multiple Cheese-Associated Fungi ». CURRENT BIOLOGY 25 (janvier): 2562–2569. doi:10.1016/j.cub.2015.08.025.
ISSN
0960-9822
https://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2015.08.025
Ropars J, López-Villavicencio M, Dupont J, Snirc A, Gillot G, Coton M, Jany JL, Coton E, et Giraud T. 2014. « Induction of sexual reproduction and genetic diversity in the cheese fungus Penicillium roqueforti ». EVOLUTIONARY APPLICATIONS 7 (janvier): 433–441. doi:10.1111/eva.12140.
ISSN
1752-4571
https://dx.doi.org/10.1111/eva.12140
Buono L, López-Villavicencio M, Shykoff JA, Snirc A, et Giraud T. 2014. « Influence of Multiple Infection and Relatedness on Virulence: Disease Dynamics in an Experimental Plant Population and Its Castrating Parasite ». PLOS ONE 9 (janvier): e98526. doi:10.1371/journal.pone.0098526.
ISSN
1932-6203
https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0098526
López-Villavicencio M., Debets A. J. M., Slakhorst M., Giraud T., et Schoustra S. E. 2013. « Deleterious effects of recombination and possible nonrecombinatorial advantages of sex in a fungal model ». Journal of Evolutionary Biology 26 (janvier): 1968-78. doi:10.1111/jeb.12196.
ISSN
1010-061X
https://dx.doi.org/10.1111/jeb.12196
de Vienne D. M., Refrégier G., López-Villavicencio M., Tellier A., Hood M. E., et Giraud T. 2013. « Cospeciation vs host-shift speciation: methods for testing, evidence from natural associations and relation to coevolution ». New Phytologist 198 (janvier): 347-85. doi:10.1111/nph.12150.
ISSN
0028646X
https://dx.doi.org/10.1111/nph.12150
Ropars J, Dupont J, Fontanillas E, de la Vega RCR, Malagnac F, Coton M, Giraud T, et López-Villavicencio M. 2012. « Sex in Cheese: Evidence for Sexuality in the Fungus Penicillium roqueforti ». PLOS ONE 7 (janvier): e49665. doi:10.1371/journal.pone.0049665.
ISSN
1932-6203
https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0049665
Billiard S., LóPez-Villavicencio M., Hood M. E., et Giraud T. 2012. « Sex, outcrossing and mating types: unsolved questions in fungi and beyond: Sexy fungi ». Journal of Evolutionary Biology 25 (janvier): 1020-38. doi:10.1111/j.1420-9101.2012.02495.x.
ISSN
1010061X
https://dx.doi.org/10.1111/j.1420-9101.2012.02495.x
Billiard S, López-Villavicencio M, Devier B, Hood ME, Fairhead C, et Giraud T. 2011. « Having sex, yes, but with whom? Inferences from fungi on the evolution of anisogamy and mating types ». BIOLOGICAL REVIEWS 86 (janvier): 421–442. doi:10.1111/j.1469-185X.2010.00153.x.
ISSN
1464-7931
https://dx.doi.org/10.1111/j.1469-185X.2010.00153.x
López-Villavicencio M., Aguileta G., Giraud T., de Vienne D.M., Lacoste S., Couloux A., et Dupont J. 2010. « Sex in Penicillium: Combined phylogenetic and experimental approaches ». Fungal Genetics and Biology 47 (janvier): 693-706. doi:10.1016/j.fgb.2010.05.002.
ISSN
10871845
https://dx.doi.org/10.1016/j.fgb.2010.05.002
Marthey S, Aguileta G, Rodolphe F, Gendrault A, Giraud T, Fournier E, Lopez-Villavicencio M, Gautier A, Lebrun MH, et Chiapello H. 2008. « FUNYBASE: a FUNgal phYlogenomic dataBASE ». BMC BIOINFORMATICS 9 (janvier): 456. doi:10.1186/1471-2105-9-456.
ISSN
1471-2105
https://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-9-456
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