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Les tutelles MNHN-CNRS-SU-EPHE-UA

L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité est une unité CNRS du Muséum national d’Histoire naturelle de Paris, ayant aussi pour tutelles l’Université Pierre et Marie Curie et l’Ecole Pratique des Hautes Etudes.

L’UMR 7205 a pour objectif de répondre aux questions concernant l’origine de la biodiversité, les modalités de diversification des espèces, la mise en place des communautés animales en lien avec l’évolution spatio-temporelle des taxons. L’unité est un des pôles européens de systématique et contribue de manière importante à la taxonomie et à la biologie de l’évolution. Les approches de systématique phylogénétique privilégiées par l’unité sont intégratives et ont amené la conception d’outils taxonomiques, moléculaires, génétiques, acoustiques, cytogénétiques, morphologiques et morphométriques.

L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB) succède à l’OSEB depuis le 1er Janvier 2014. Les laboratoires de l’Institut se trouvent au Jardin des Plantes dans des bâtiments situés rue Buffon et rue Cuvier (Entomologie, Mammifères et Oiseaux, Malacologie, Botanique, Reptiles-Amphibiens, Géologie).

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L’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité
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Forest Thomas, Portalier Swan, Steux Camille, Sackton Timothy & Achaz Guillaume, juin 2024 — PopSize, a snpArcher module for population size change inference. The increasing scale of genomic datasets necessitates robust and scalable tools for demographic inference, especially for non… , ,
https://hal.science/hal-04599797
Forest Thomas, Achaz Guillaume, Marbouty Martial, Bignaud Amaury, Thierry Agnes, Koszul Romain, Milhes Marine, Lledo Joanna, Pons Jean-Marc & Fuchs Jerome, mai 2024 — Chromosome-level genome assembly of the European green woodpecker Picus viridis. G3-GENES GENOMES GENETICS vol. 14, n° 5, tex.earlyaccessdate: MAR 2024 tex.orcid-numbers: Forest, Thomas/0000-0003-3911-5705 AGNES, THIERRY/0000-0002-1566-0664 Koszul, Romain/0000-0002-3086-1173 tex.unique-id: WOS:001191372700001
ISSN
2160-1836
https://dx.doi.org/10.1093/g3journal/jkae042
Lorenzi Jean-Noël, Graner François, Courtier-Orgogozo Virginie & Achaz Guillaume, novembre 2023 — CNCA aligns small annotated genomes. We present CNCA, an online tool to align annotated genomes from GenBank files. It generates a nucleotide alignment that is then… , , Type: 10.5281/zenodo.8211992
https://hal.science/hal-04268598
Overcast Isaac, Achaz Guillaume, Aguilée Robin, Andújar Carmelo, Arribas Paula, Creedy Thomas, Economo Evan, Etienne Rampal, Gillespie Rosemary, Jacquet Claire, Jay Flora, Kennedy Susan, Krehenwinkel Henrik, Lambert Amaury, Meramveliotakis Emmanouil et al., janvier 2023 — Towards a genetic theory of island biogeography: Inferring processes from multidimensional communityscale data. BackgroundMacArthur and Wilson’s theory of island biogeography has been a foundation for obtaining testable predictions from… Global Ecology and Biogeography vol. 32, , p. 4-23 ISBN: 1466-822X Publisher: Wiley Type: 10.1111/geb.13604
https://inserm.hal.science/inserm-04270149
Guez Jérémy, Achaz Guillaume, Bienvenu François, Cury Jean, Toupance Bruno, Heyer Évelyne, Jay Flora & Austerlitz Frédéric, 2023 — Cultural transmission of reproductive success impacts genomic diversity, coalescent tree topologies and demographic inferences. Genetics , , Publisher: Oxford University Press tex.hal_id: hal-03875721 tex.hal_version: v1
https://dx.doi.org/10.1093/genetics/iyad007
Behdenna Abdelkader, Godfroid Maxime, Petot Patrice, Pothier Joël, Lambert Amaury & Achaz Guillaume, 2022 — A minimal yet flexible likelihood framework to assess correlated evolution. Systematic Biology vol. 71, n° 4, p. 823-838
ISSN
1063-5157, 1076-836X
https://dx.doi.org/10.1093/sysbio/syab092
Fedosov Alexander, Achaz Guillaume, Gontchar Andrey & Puillandre Nicolas, 2022 — MOLD , a novel software to compile accurate and reliable DNA diagnoses for taxonomic descriptions. Molecular Ecology Resources , , 1755–0998.13590
ISSN
1755-098X, 1755-0998
https://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.13590
Chehida Yacine Ben, Eléaume Marc, Gallut Cyril & Achaz Guillaume, décembre 2020 — The rapid divergence of the Antarctic crinoid species Promachocrinus kerguelensis. Climatic oscillations in Antarctica caused a succession of expansion and reduction of the ice sheets covering the continental… , , Type: 10.1101/666248
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03090218
Marin Julie, Achaz Guillaume, Crombach Anton & Lambert Amaury, octobre 2020 — The genomic view of diversification. The process of species diversification is traditionally summarized by a single tree, the species tree, whose reconstruction… Journal of Evolutionary Biology vol. 33, n° 10, p. 1387-1404 ISBN: 1010-061X Publisher: Wiley Type: 10.1111/jeb.13677
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03137815
Kerdoncuff Elise, Lambert Amaury & Achaz Guillaume, août 2020 — Testing for population decline using maximal linkage disequilibrium blocks. Theoretical Population Biology vol. 134, , p. 171-181 ISBN: 0040-5809 Publisher: Elsevier Type: 10.1016/j.tpb.2020.03.004
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03492554
Achaz Guillaume, juin 2020 — Molecular evolution through the joint lens of genomic and population processes. A recommendation – based on reviews by Benoit Nabholz and one anonymous reviewer – of the article: Pouyet F, Gilbert KJ (2020)… , , Pages: 100103 Publication Title: Peer Community in Evolutionary Biology Type: 10.24072/pci.evolbiol.100103
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02873037
Puillandre Nicolas, Brouillet Sophie & Achaz Guillaume, 2020 — ASAP : assemble species by automatic partitioning. Molecular Ecology Resources vol. 21, n° 2, 1755–0998.13281
ISSN
1755-098X, 1755-0998
https://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.13281
Abdi Basma, Nguyen Thuy, Brouillet Sophie, Desire Nathalie, Sayon Sophie, Wirden Marc, Jary Aude, Achaz Guillaume, Assoumou Lambert, Palich Romain, Simon Anne, Tubiana Roland, Valantin Marc-Antoine, Katlama Christine, Calvez Vincent et al., 2020 — No HIV-1 molecular evolution on long-term antiretroviral therapy initiated during primary HIV-1 infection.. AIDS (London, England) vol. 34, n° 12, p. 1745-1753
ISSN
1473-5571 0269-9370
https://dx.doi.org/10.1097/QAD.0000000000002629
Baldassari Sara, Picard Fabienne, Verbeek Nienke, van Kempen Marjan, Brilstra Eva, Lesca Gaetan, Conti Valerio, Guerrini Renzo, Bisulli Francesca, Licchetta Laura, Pippucci Tommaso, Tinuper Paolo, Hirsch Edouard, de Saint Martin Anne, Chelly Jamel et al., août 2019 — Correction: The landscape of epilepsy-related GATOR1 variants. The original version of this article contained an error in the spelling of the author Erik H. Niks, which was incorrectly given… Genetics in Medicine vol. 21, n° 8, p. 1896
https://hal-univ-bourgogne.archives-ouvertes.fr/hal-02066352
Baldassari Sara, Picard Fabienne, Verbeek Nienke, van Kempen Marjan, Brilstra Eva, Lesca Gaetan, Conti Valerio, Guerrini Renzo, Bisulli Francesca, Licchetta Laura, Pippucci Tommaso, Tinuper Paolo, Hirsch Edouard, de Saint Martin Anne, Chelly Jamel et al., février 2019 — The landscape of epilepsy-related GATOR1 variants. PurposeTo define the phenotypic and mutational spectrum of epilepsies related to DEPDC5, NPRL2 and NPRL3 genes encoding the… Genetics in Medicine vol. 21, n° 2, p. 398-408
ISSN
1530-0366
https://dx.doi.org/10.1038/s41436-018-0060-2
Achaz Guillaume, Gangloff Serge & Arcangioli Benoit, février 2019 — The quiescent X, the replicative Y and the Autosomes. bioRxiv : the preprint server for biology , ,
https://dx.doi.org/10.1101/351288
Moreau Camille, Danis Bruno, Jossart Quentin, Eleaume Marc, Sands Chester, Achaz Guillaume, Agüera Antonio & Saucède Thomas, 2019 — Is reproductive strategy a key factor in understanding the evolutionary history of Southern Ocean Asteroidea (Echinodermata)?. Ecology and Evolution vol. 9, n° 15, p. 8465-8478
ISSN
2045-7758, 2045-7758
https://dx.doi.org/10.1002/ece3.5280
Ferretti Luca, Weinreich Daniel, Tajima Fumio & Achaz Guillaume, novembre 2018 — Evolutionary constraints in fitness landscapes. Heredity vol. 121, n° 5, p. 466-481
ISSN
1365-2540
https://dx.doi.org/10.1038/s41437-018-0110-1
Landoulsi Zied, Laatar Fatma, Noé Eric, Mrabet Saloua, Ben Djebara Mouna, Achaz Guillaume, Nava Caroline, Baulac Stéphanie, Kacem Imen, Gargouri-Berrechid Amina, Gouider Riadh & Leguern Eric, août 2018 — Clinical and Genetic Study of Tunisian Families with Genetic Generalized Epilepsy: Contribution of CACNA1H and MAST4 Genes. Neurogenetics vol. 19, n° 3, p. 165-178
ISSN
1364-6753
https://dx.doi.org/10.1007/s10048-018-0550-z
Vakirlis Nikolaos, Hebert Alex S., Opulente Dana A., Achaz Guillaume, Hittinger Chris Todd, Fischer Gilles, Coon Joshua J. & Lafontaine Ingrid, mars 2018 — A Molecular Portrait of De Novo Genes in Yeasts. Molecular Biology and Evolution vol. 35, n° 3, p. 631-645
ISSN
1537-1719
https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msx315
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