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PROJETS DE RECHERCHE EN COURS
Mes recherches visent à mieux comprendre la diversité biologique observée dans la nature en m’intéressant notamment à son origine (càd aux causes de sa mise en place) et à son évolution.
Mon objectif principal est de combiner des approches micro- et macro-évolutives dans l’étude de la spéciation et de l’endémisme. Pour cela, je me situe à l’interface entre les niveaux ‘population’ et ‘espèce’ puisque la variabilité intra-spécifique constitue le matériau de base à la diversification des espèces. Par ailleurs, j’essaie d’exploiter la complémentarité génotype/phénotype (morphologie, phénologie etc.) et d’adopter des approches descriptives ainsi que mécanistiques (ex. pour élucider les pressions de sélection ayant causé la divergence).
Mes projets s’articulent autour de 3 régions géographiques : le Bassin Méditerranéen, la Nouvelle-Calédonie et la région malgache.
Bassin Méditerranéen
J’ai choisi d’étudier le genre Odontites s. l. (Orobanchaceae, ex-Scrophulariaceae), dont l’aire de répartition est centrée sur le Bassin Méditerranéen. Le genre comporterait 31 espèces (44 taxons), mais les contours des taxons sont souvent flous. Dans un premier temps, le projet consiste à affiner la systématique de ce groupe et à replacer son évolution dans un contexte historique en mettant en place sa phylogénie. Cette première étape permettra de reconstruire l’histoire spatio-temporelle du genre et, par la suite, de cibler certains clades pour élaborer des études plus approfondies sur les évènements de spéciation (incluant les probables cas d’hybridation et d’évolution réticulée), l’adaptation locale et les causes de l’endémisme de certains taxons.
Collaborations : G. Rouhan (MNHN, Pais), E. Vela (AMAP, Montpellier) & E. Rico (Univ. Salamanca, Espagne).
Bassin Méditerranéen
Dans le Bassin Méditerranéen, un autre projet s’intéresse au genre Paeonia L. , sur lequel a été démontrée l’importance de l’hybridation dans les processus de spéciation. Au sein de la section Paeonia qui comprend approximativement 22 espèces, 2/3 des espèces –les espèces européennes, principalement réparties sur le pourtour méditerranéen– sont polyploïdes et résulteraient d’hybridations entre espèces asiatiques diploïdes. Cependant, la systématique et l’origine évolutive des espèces méditerranéennes –pourtant souvent emblématiques et protégées– restent mal connues. D’un point de vue taxonomique, la situation est particulièrement confuse en Corse, où les botanistes reconnaissent de une à trois morpho-espèces selon les auteurs. Ce projet vise à 1) clarifier le statut taxonomique des pivoines corses à l’aide de données génétiques, morphologiques et phénologiques ; 2) affiner la phylogénie de la section Paeonia, explorer son évolution réticulée et retracer son histoire biogéographique.
Collaborations : M. Debussche (CEFE, Montpellier), Conservatoire Botanique et Office de l’Environnement de la Corse, G. Rouhan (MNHN, Paris).
Nouvelle-Calédonie
Un autre projet étudie la systématique et la dynamique évolutive du genre Araucaria (Araucariaceae) en Nouvelle-Calédonie. Le genre est composé de 19 espèces dont 13 sont endémiques à la la Nouvelle-Calédonie. Nos objectifs sont (i) d’élucider la biogéographie, l’origine, et la date de diversification du genre Araucaria en Nouvelle-Calédonie (vicariance et/ou dispersion à longue distance ?) et (ii) de déterminer les processus évolutifs responsables de la diversité spécifique élevée dans une région aussi restreinte que la Nouvelle-Calédonie (accumulation d’espèces et/ou radiation adaptative ?). Ces études permettent également de reconsidérer le statut taxonomique de certains groupes et de cartographier les populations naturelles dans une perspective de conservation.
Collaborations : P. Hollingsworth & M. Gardner (Royal Botanic Garden, Edinburgh, UK).
Madagascar
Les fougères de Madagascar sont caractérisées par une diversité et un endémisme élevés, et sont encore mal connues. Ce projet se concentre en particulier sur les fougères grammitides (Polypodiaceae) de Madagascar : taxonomie intégrative, origine biogéographique et processus de diversification.
Collaboration : G. Rouhan (MNHN, Paris ; leader du projet).
Parcours de recherche
- Depuis Sept. 2005 : Maître de Conférences du Muséum - UMR CNRS/MNHN 7205, Equipe Botanique.
- Post-Doctorat (2004-2005) - Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA), UMR 5553, Grenoble, France
« IntraBioDiv : Tracking surrogates for intraspecific biodiversity - Towards efficient selection strategies for the conservation of natural genetic resources using comparative mapping and modelling approaches » - Post-Doctorat (2003-2004) - Dept of Plant Ecology, Evolutionary Biology Centre, Uppsala, Suède
« Base moléculaire et rôle adaptatif de la production de trichomes foliaires chez Arabidopsis lyrata (Brassicaceae) » - Thèse de Doctorat (1999-2002) - Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA), UMR 5553, Grenoble, France
« Complémentarité des approches génétiques, démographiques et écologiques dans l’étude d’une espèce menacée. Le cas d’Eryngium alpinum L. (Apiaceae), Chardon Bleu des Alpes »
Publications
- 2023 — Herbarium Specimen Sequencing Allows Precise Datation of Xanthomonas citri pv. citri Diversification History. Over the past decade, the field of ancient genomics has triggered considerable progress in the study of various pathogens,… PREPRINT , , Type: 10.1101/2022.12.08.519547,
- 2023 — Herbarium specimen sequencing allows precise dating of Xanthomonas citri pv. citri diversification history. NATURE COMMUNICATIONS vol. 14, n° 1, Number: 4306 tex.eissn: 2041-1723 tex.orcid-numbers: Baider, Claudia/0000-0002-2203-2076 Gagnevin, Lionel/0000-0002-2943-0827 Pruvost, Olivier/0000-0002-3175-9795 Campos, Paola/0009-0009-5982-8287 Utteridge, Timothy/0000-0003-2823-0337 tex.researcherid-nu,
- 2023 — Herbarium Specimen Sequencing Allows Precise Datation of Xanthomonas citri pv. citri Diversification History. Over the past decade, the field of ancient genomics has triggered considerable progress in the study of various pathogens,… , , Type: 10.1101/2022.12.08.519547,
- 2023 — Precipitation is the main axis of tropical plant phylogenetic turnover across space and time. Science advances vol. 9, n° 7, Number: eade4954 tex.orcid-numbers: Dexter, Kyle G/0000-0001-9232-5221 Iganci, João/0000-0002-5740-3666 Bruneau, Anne/0000-0001-5547-0796 Gastaldello Rando, Juliana/0000-0002-3714-8231 Ringelberg, Jens/0000-0003-0567-5210 Murphy, Daniel/0000-0002-8358-363,ISSN2375-2548
- 2022 — Uncovering the genomic basis of an extraordinary plant invasion. SCIENCE ADVANCES vol. 8, n° 34, Number: eabo5115 tex.orcid-numbers: Rieseberg, Loren H/0000-0002-2712-2417 Bieker, Vanessa/0000-0002-2061-9041 Gilbert, Marcus TP/0000-0002-5805-7195 Owens, Gregory/0000-0002-4019-5215 Brealey, Jaelle C./0000-0001-7068-2017 Petersen, Bent/0000-0002-2472-8,ISSN2375-2548
- 2022 — Phylogenomic analysis of 997 nuclear genes reveals the need for extensive generic re-delimitation in Caesalpinioideae (Leguminosae). PHYTOKEYS , n° 205, p. 3-58 tex.eissn: 1314-2003 tex.orcid-numbers: Murphy, Daniel J/0000-0002-8358-363X Iganci, João/0000-0002-5740-3666 Ringelberg, Jens/0000-0003-0567-5210 tex.researcherid-numbers: Murphy, Daniel J/C-3781-2008 Iganci, João/K-7880-2018 tex.unique-id: WOS:000861258,ISSN1314-2011
- juillet 2021 — First historical genome of a crop bacterial pathogen from herbarium specimen: Insights into citrus canker emergence. Over the past decade, ancient genomics has been used in the study of various pathogens. In this context, herbarium specimens… PLoS Pathogens vol. 17, n° 7, e1009714 Publisher: Public Library of Science tex.hal_id: hal-03327718 tex.hal_version: v1,ISSN1553-7374
- juillet 2021 — « Préciser la courbe de calibration radiocarbone pour l’Égypte ancienne : le pari des herbiers » in Les collections naturalistes dans la science du XXIe siècle.. vol. CHAPITRE12, , p. 179-195 tex.hal_id: mnhn-03324334 tex.hal_version: v1,
- mars 2021 — « Exploration and Origins of Biodiversity in Madagascar: The Message of Ferns » in Systematics and the Exploration of Life.. Systematics and the Exploration of Life , , dir. Wiley p. 135-146,ISBN978-1-119-47687-0
- mars 2021 — « Diversité et origines de la biodiversité à Madagascar : le message des fougères » in Systématique et exploration du vivant.. , , tex.hal_id: mnhn-03324058 tex.hal_version: v1,