- HUMANN-GUILLEMINOT Ségolène - "Contamination diffuse des néonicotinoides dans les habitats agricoles et effets sublétaux chez le moineau domestique " Encadrant Pierre-Henri Gouyon, ISYEB. (Thèse soutenue le 19 septembre 2022)
- PEREZ-LAMARQUE Benoît. "Caractérisation et modélisation de l'évolution des interactions hôtes-microbiotes". Co-encadrants Hélène Morlon, Institut de Biologie Ecole Normale Superieure UMR 8197 ; directeur de thèse Marc-André Selosse, ISYEB et co-directeur de thèse, Florent Martos, ISYEB.(Thèse soutenue le 29 juin 2021).
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- GARDERE Mathieu - "Origine de l’endémisme en milieu insulaire : le modèle des Campanules de l’archipel du Cap Vert". Encadrants Serge Muller et Jean-Yves Dubuisson, ISYEB. (Thèse soutenue le 14 septembre 2020)
- RABEAU Lucile - "Diversité et radiations évolutives dans le genre d’hépatiques Riccia (Ricciaceae, Marchantiidae) : approches phylogénétiques et intégratives". Co-encadrants Jean-Yves Dubuisson et Catherine Reeb, ISYEB. (Thèse soutenue le 20 mars 2019.)
- SCHNEIDER-MAUNOURY Laure - "Écologie et dynamique génétique des populations de truffe noire" (Tuber melanosporum). Encadrant Marc-André Selosse, ISYEB. (Thèse soutenure le 21 octobre 2019.)
- LALLEMAND Félix - "Évolution des interactions mycorhiziennes et de la mycohétérotrophie chez les orchidées". Encadrant Marc-André Selosse, ISYEB. (Thèse soutenue le 30 octobre 2018.)