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Horaires

De 12 heures à 13h30

Venez nombreux pour profiter de la présence exceptionnelle au MNHN de Sujeevan Ratnasingham (Associate Director of Informatics au Center for Biodiversity Genomics de l’Université de Guelph, Ontario, Canada, c'est à dire l'institution au cœur du projet Barcode of Life) pour un séminaire additionnel intitulé "International Barcode of Life (iBOL), and the cyberinfrastructure supporting it ".

Ce séminaire permettra de mieux comprendre iBOL2 et la direction prise par les projets de barcoding internationaux. 

 

 

 

Ci-dessous un bref CV, et les résumés de ce séminaire : 
Sujeevan Ratnasingham is Associate Director (Informatics) of the Centre for Biodiversity Genomics, University of Guelph and the Chief Architect of the BOLD ( [ http://www.boldsystems.org/] ) and mBRAVE ( [ http://www.mbrave.net/) platforms. He has a background in Computer Science from the University of Guelph with a focus on high performance computing and database analysis. His research focuses on machine learning approaches to high-volume DNA sequence and biodiversity data analysis, most notably with the development of the BIN system, an framework to standardize and centralize the generation of molecular OTUs. He joined the Hebert lab in 2003 as one of the first researchers focused on DNA barcoding, providing bioinformatics support in the assessment of single gene markers to delineate animal species. His contribution to DNA barcoding has continued since then with the development and expansion of BOLD and mBRAVE, development of high-throughput barcoding methods, and involvement in the selection and standardization of barcoding markers.
 
The International Barcode of Life (iBOL) and the Cyberinfrastructure supporting it

The International Barcode of Life (iBOL) Consortium, was initiated in 2010; it involves an international consortium of researchers and institutions that joined forces to advance the development of a DNA-based identification system for life. For our first five years, we set the goal of assembling reference sequences for half a million species, and by August 2015 - we met this target. In January 2019, iBOL will launch BIOSCAN, a 7-year project to implement DNA-based bio-monitoring programs at 2,500 sites around the planet, and will also extend the DNA barcode reference library required to contextualize the collected data. BIOSCAN represents the biological counterpart to the way in which our understanding of the physical world has been advanced by digital sensors and will produce a vast amount of data that will set the stage for new interpretations of the biological world. The success of BIOSCAN is tied to three fields of work: standardized sample acquisition, massively parallel DNA sequencing, and scalable and flexible cyberinfrastructure. This talk will focus on developments in the last field. BIOSCAN and DNA-based studies of biodiversity at large requires cyberinfrastructure tools that employ new strategies, data standards, and workflows. Important aspects of future developments will need to include an adoption of big-data concepts and tools, and a focus on knowledge generation. I present early solutions to these challenges, including the latest version of BOLD (version 4), new tools, and future plans to address evolving requirements.

 
 
Le consortium International Barcode of Life(iBOL) et la cyberinfrastructure liée
 
Le consortium International Barcode of Life(iBOL) a été lancé en 2010; il s'agit d'un consortium international de chercheurs et d'institutions qui ont uni leurs forces pour faire progresser le développement d'un système d'identification basé sur les codes-barres ADN (DNA barcodes). Au cours des cinq premières années, nous nous sommes fixé pour objectif d'assembler des séquences de référence pour un demi-million d'espèces. En août 2015, nous avions atteint cet objectif. En janvier 2019, iBOL lancera BIOSCAN, un projet de sept ans visant à mettre en œuvre des programmes de bio-surveillance basés sur l'ADN dans 2 500 sites de la planète, et étendra également la bibliothèque de références de codes-barres ADN requise pour contextualiser les données collectées. BIOSCAN représente la contrepartie biologique de la manière dont nos capteurs numériques ont permis de mieux comprendre le monde physique et produira une grande quantité de données qui ouvriront la voie à de nouvelles interprétations du monde biologique. Le succès de BIOSCAN est lié à trois domaines de travail: l’acquisition standardisée d’échantillons, le séquençage massivement parallèle de l’ADN et une cyberinfrastructure évolutive et flexible. Cette conférence se concentrera sur les développements dans le dernier domaine. Les études BIOSCAN basées sur l'ADN de la biodiversité dans son ensemble nécessitent des outils de cyberinfrastructure faisant appel à de nouvelles stratégies, de nouveaux standards et des flux de travail prédéfinis. Les aspects importants des développements futurs devront inclure l’adoption de concepts et d’outils de Big Data, ainsi que l’accent mis sur la génération de connaissances. Je présente les premières solutions à ces défis, notamment la dernière version de BOLD (version 4), de nouveaux outils et des plans futurs pour faire face à l'évolution des besoins.
 
 
 
Publié le : 05/12/2018 15:24 - Mis à jour le : 10/12/2018 12:09

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