Elie Saliba a le plaisir de vous inviter à sa soutenance de thèse en informatique appliquée à la biodiversité et nomenclature zoologique intitulée : 

"Understanding and managing Zoological Nomenclature in the era of Big Data and Open Science" (en anglais)

La soutenance de thèse se déroulera en anglais et en format hybride le mercredi 06 décembre 2023 à 14h00

Lieu : Amphithéâtre de Paléontologie au 2 Rue Buffon, 75005 Paris

URL salle virtuelle :

https://cnrs.zoom.us/j/91263206855?pwd=NVdsNFRqNkxESzdHNGh4OUp4N24rdz09 

 

Devant un jury composé de :

Dr. Andrew POLASZEK  Natural History Museum, Londres     Rapporteur
Pr. Thomas PAPE Natural History Museum of Denmark  Rapporteur
Pr. Tony ROBILLARD Muséum National d'Histoire Naturelle Examinateur
Pr. Walter BERENDSOHN Jardin botanique et muséum botanique de Berlin Examinateur
Dr. Francisco WELTER-SCHULTES    Commission Internationale de Nomenclature Zoologique Examinateur
Pr. Annemarie OHLER  Muséum national d'Histoire naturelle Directrice de thèse
Pr. Régine VIGNES-LEBBE Sorbonne Université    Directrice de thèse

Résumé

La nomenclature est la branche de la taxonomie responsable de la création et de la gestion des noms scientifiques attribués aux catégories d’êtres vivants. Elle assure la continuité de la transmission de toutes sortes de données et de connaissances accumulées sur les taxons. Les zoologistes se réfèrent pour cela au Code International de Nomenclature Zoologique. Aujourd’hui, la nomenclature joue, par l’intermédiaire des noms scientifiques, un rôle crucial dans les bases de données de biodiversité. Mais ces dernières présentent cependant des limitations en termes de modèles de données et de l’utilisation de celles-ci pour des travaux nomenclaturaux. Pour pallier ces difficultés, une analyse approfondie du Code a permis de modéliser les règles de cette discipline. En effet, la structure des règles du Code se veut logique et non-ambigüe, et est donc idéale pour une traduction en une série d’algorithmes. Cette hypothèse a mené à la création d’une application web appelée Lognom, pour ‘logiciel de nomenclature’. Lognom est un logiciel basé sur des algorithmes aidant à la prise de décision en matière de nomenclature zoologique. L’application ne repose pas sur des bases de données préexistantes, mais fournit une réponse en fonction des données entrées par l'utilisateur. Ce logiciel vise à soutenir les taxonomistes dans leur gestion de la nomenclature au quotidien, en déterminant si un nom ou un travail est disponible, si les règles orthographiques ont été correctement appliquées et si toutes les exigences précédant la publication d’un nouveau nom ou d’un nouveau travail ont été respectées. Lognom permet également à l'utilisateur d’établir quel nom est le nom valide parmi plusieurs candidats préenregistrés, et la liste des synonymes qui résulte de cette décision. Il comprend également quelques outils pour répondre à des questions diverses de nomenclature, telle que la détermination du genre grammatical d’un nom de genre. Une proposition de classification des règles est fournie, afin de mieux cerner les forces et les faiblesses du Code quant à sa possible informatisation exhaustive, ainsi que des recommandations quant à l’optimisation de son caractère logique et non-ambigu. De même, diverses questions en rapport avec la nomenclature et ses applications informatiques sont explorées, et une brève analyse expliquant les difficultés sociales liées à l’amélioration de ces règles est évoquée.

 

La soutenance sera suivie d’un pot au bâtiment Reptiles et Amphibiens, 25 rue Cuvier.

 
En espérant vous y voir nombreux,
 
 Elie Saliba
 

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Publié le : 01/12/2023 14:51 - Mis à jour le : 05/12/2023 09:22

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