Cecile Lepere du Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (UCA)

L’avènement des techniques de séquençage haut débit a permis la mise en évidence d’une diversité considérable d’eucaryotes microbiens dans les écosystèmes aquatiques parmi lesquels figurent une importante proportion de groupes parasites. Bien que le parasitisme soit maintenant reconnu pour jouer un rôle central dans le fonctionnement des écosystèmes, la physiologie et la fonction écologique de la plupart de ces espèces sont encore méconnues. Un de nos objectifs est donc d’améliorer les connaissances concernant la diversité et le rôle des eucaryotes microbiens parasites en milieu lacustre par des approches –omiques mais aussi par des approches plus classiques de microscopie et d’expérimentations en microcosmes. J’évoquerai notamment un projet retenu dans le cadre de l’appel d’offre de France génomique « grand projet de génomique » dans lequel nous couplons des approches de métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique et génomique sur « single cell » pour étudier in situ ces microorganismes non cultivés. Ces aspects sont complétés par des expériences « d’infection » en microcosmes avec des suivis de populations cibles (hôtes/parasites) notamment par des approches de marquages et d’observations microscopiques.