Aurélien Miralles

• L’alpha-taxonomie au XXIe siècle : Inventorier le Vivant à l’ère du numérique et de la 6e extinction

À mi-parcours d’un processus de modernisation entrepris il y a une vingtaine d’années, les défis à relever par l’ α-taxonomie contemporaine sont multiples, et autant d’ordre quantitatifs (accélérer l’inventaire du vivant) que qualitatifs (disposer d’hypothèses d’espèces robustes). Ils consistent, entre autres : en une appropriation des concepts et des techniques développées en biologie évolutive; en une standardisation / objectivisation / formalisation des processus décisionnels (quand décrire une hypothèse d’espèce?); en l’intégration de nouveaux types de données (génome, transcriptome, Ctscan); et en le développement d’outils numériques adaptés (bases de données interopérables et centrées sur les spécimens, outils dédiés à la délimitation d’espèce, à l’évaluation de la confiance en les hypothèses d'espèce…). L’ampleur de ces changements et de ceux à venir mets également en exergue la nécessité de réviser et de renforcer le socle épistémologique sur lequel repose cette branche pluriséculaire de la biologie. Au-delà de mes travaux de systématique appliqués aux squamates (principalement des phylogénies et des révisions intégratives de scinques tropicaux), le présent mémoire met l’accent sur mes contributions généralistes, c’est-à-dire celles s’adressant à l’ensemble des praticiens, indépendamment de leur domaine de spécialisation. Après une présentation des différentes notions attenantes à l’α-taxonomie et un survol historique destiné à mieux mesurer l’ampleur du changement de paradigme que la discipline traverse, sera présenté une synthèse détaillée de mes contributions à des questions méthodologiques ou techniques. Celles-ci abordent, entre autres, des problématiques relatives aux données taxonomiques (caractérisation, gestion, partage et intégration) et à la comparaison objective des partitions résultant de différentes analyses de délimitations d’espèces.