Présentation de la cellule de valorisation informatique de l'ISYEB

Missions

La cellule a pour but d’apporter une action de conseil et de réalisation sur les développements informatiques au sein de l’unité, en réponse à des demandes de chercheurs ou d’équipes. Cette action inclut l’aide au formatage et à la réalisation technique des projets et à leur positionnement scientifique local, national et international.

Elle maintient une veille sur les appels d’offres pertinents dans un large éventail de thématiques correspondant à celles de l’UMR. Elle pourra donc solliciter des réponses des équipes aux appels d’offre.

Dans le cas de projets collectifs au sein de l’unité (intéressant plusieurs équipes ou personnels de plusieurs équipes), elle gère au quotidien les développements informatiques et les personnels qui y sont affectés, si les équipes le souhaitent. Elle héberge donc les personnels contractuels sur les projets dont la cellule assure la gestion.

Elle intervient également, en lien direct avec le service de Valorisation du MNHN (DGD-REVE), dans le montage de projets de valorisation informatique intéressant l’UMR en priorité mais également l’ensemble des unités de l’établissement.

Composition de l’équipe

 

Projets

Biodatascreen (www.biodatascreen.fr)

La plateforme Biodatascreen fournit une solution générique pour le pré-traitement (criblage) de grandes base de données. Il s’agit d’un workflow automatique de validation de données qui vérifie pour des millions d’occurrences leur qualité (présence de coordonnées, localités, données aberrantes, taxonomie).

L’utilisateur récupère en sortie un fichier validé et au format DwC et un fichier avec les données exclues à chaque filtre.

 

Direction scientifique: Roseli PELLENS, Thomas HAEVERMANS

Participants: Philippe CRANDCOLAS, Frédéric LEGENDRE, Julien TROUDET

Equipe technique: Visotheary UNG, Mélanie HACHET (IE), Viviane CHASTAGNER (IE), Antoine BISCH (IE)

 

LisBethWeb (version bêta)

La plateforme LisBethWeb est la version accessible en ligne du logiciel LisBeth développé par l'équipe LIS. Elle a été développée dans le cadre du projet SU RESCU-ME.

Tous les calculs implémentés dans LisBeth ont été re-développés sous forme de web-services ce qui les rend modulaires et plus facilement intégrables dans d'autres plateformes. En outre, cela permet une délocalisation des calculs sur un serveur externe et évite une installation locale du logiciel.

Comité de pilotage: Philippe GRANDCOLAS, Géraldine VERON, Jean-Lou JUSTINE, Jean-Yves DUBUISSON, Régine VIGNES-LEBBE, René ZARAGUETA I BAGILS, Viviane CHASTAGNER, Jacques DUCASSE, Visotheary UNG.

Comité technique: Régine VIGNES-LEBBE, René ZARAGUETA I BAGILS, Viviane CHASTAGNER, Jacques DUCASSE, Visotheary UNG.

Equipe technique: Visotheary UNG, Viviane CHASTAGNER (IE 100%), Jacques DUCASSE (IR 20%)

 

LIMES

Limes est un outil automatisé et gratuit dédié à la comparaison exacte de taxonomies alternatives, quels que soient les méthodes ou le type de jeu de données impliqués. Il est plus particulièrement adapté pour comparer un ensemble de données taxonomiques composé de plusieurs espèces (généralement au niveau du genre). Pour celà, Limes calcule quatre indices différents: Ctax, mCtax, Rtax (Miralles & Vences 2013) et le Match-ratio (Ahrens et al. 2016). Limes repose sur une approche conceptuelle cladistique et suppose donc que les espèces délimitées par différentes méthodes représentent des unités monophylétiques.

Limes est téléchargeable à l'adresse suivante: www.limes.cnrs.fr

Equipe scientifique: Aurélien MIRALLES, Guillaume LECOINTRE

Equipe technique: Jacques DUCASSE, Visotheary UNG

Publié le : 26/04/2018 12:40 - Mis à jour le : 14/12/2023 14:49