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SAMADI Sarah











Professor at MNHN
UMR 7205 - ISYEB - Institut de systématique, Évolution, Biodiversité
Sorbonne Universités
Equipe Exploration, Espèces et Evolution (3E)
57 rue Cuvier, CP26
75231 Paris cedex 05, France
Email : sarah.samadi@mnhn.fr
Tél : 33 (0)1 40 79 37 59
Fax : 33 (0)1 40 79 38 44

  •   Present research interests

  • The common background of all my scientific activities is the analysis of the conceptual grounds of systematics and evolutionary biology. My present empirical projects are mainly in the fields of species delimitations and of speciation processes. Most of my projects are focusing on organisms from poorly known environments (mainly deep-sea environments, notably seamounts and organic remains sunken on the deep-sea floor) and are developed in the methodological framework of “Integrative Taxonomy”, in which methods in phylogenetics, population genetics and ecology are combined.


  •   Educational background and main past experiences

  • - 1990-1993 MS, Ecole Normale Supérieure, Paris, France
    - 1993-1997 Ph D, Université Montpellier II. « Espèces et spéciation chez le gastéropode parthénogénétique d’eau douce  : Melanoides tuberculata. Intégration des approches génétique, morphométrique et écologique  ». PhD Advisors : B Delay et P Jarne.
    - 2006 HDR thesis « Habilitation à diriger des recherches » : « L’arbre, le réseau et les espèces  ».
    - 1998 / 1999 Assistant Professor (temporary position) at University Paris 7. Research project : How the larval development affect the genetic differentiation of Cerithium species of the Mediterranean sea ?
    - 1999 / 2000 Assistant Professor (temporary position) EPHE. Research project : Reproductive system and dispersal of Pocillopora verrucosa in Moorea.
    - 2000 / 2002 Research position (temporary) at the Musémun National d’Histoire Naturelle. Molecular systematics, population genetics and conservation biology.
    - 2002/2012 Permanent Researcher at IRD in the research unit UMR7138 « Systematic Adaptation & Evolution » within the department of Systematic and Evolution of the MNHN.
    - 2009-2012 Co-Coordinator with Jean-Noël Labat and Line Le Gall of the MNHN project “Taxonomie moléculaire : DNA Barcode et gestion durable des collections”.

  •   Main present professional activities

  • - Since 2009 Curation of the DNA collection of aquatic animals.
    - Since 2009 expert for the Commission Nationale Flotte Hauturière (CNFH)
    - Since 2013 Professor at MNHN. Head of the team Exploration, Espèces et Evolution [3E]
    - 2013-2016 : Co-PI with Wei-Jen Chen of the ANR-NS project TF-DeepEvo.
    - 2014-2018 Co-Coordinator with Régis Debruyne of the MNHN project “Génomique et collections”
    - Since 2014 Co-director of UMS2700Outils et Méthodes de la Systématiques Intégratives”

  •   Oceanographic cruises

  • Principal investigator or Co-PI of the following cruises
    BOA1, N/O ALIS, septembre (2005)
    SANTOBOA2006, N/O ALIS, (2006)
    SALOMONBOA3, N/O ALIS (2007)
    TERRASSE, N/O ALIS (2008)
    BIOPAPUA, N/O ALIS (2010)
    EXBODI, N/O ALIS (2011)
    DeepSea legs of NUIGINI expedition (2012)
    MADEEP, N/O ALIS (2014)

    Participation to following cruises :
    NORFOLK 2, N/0 ALIS, 2003 (PI B. Richer de Forges).
    SALOMON 2,N/O ALIS, 2004 (PI P. Bouchet)
    TARASOC, à bord du N/O ALIS, 2009 (PI P. Bouchet)

  •  Internet resources

  • - Journal de bord EXBODI (2011) : en français /en anglais

    - Journal de bord Biopapua (2010) : en français / en anglais

    - Journal de bord MADEEP (2014) : en français
    Evolution des clés pour comprendre (CNRS/MNHN)
    Collège de France, colloque 2009 - 150 ans après l’origine des espèces : du darwinisme de Darwin à l’évolutionnisme contemporain.
    Anouk Barberousse et Sarah Samadi : Espèce et spéciation n°1 : Problématique générale
    L’atelier biodiversité marine Santo2006
    Mission Santo BOA (Canal IRD)

    - Cours public du Muséum (janvier 2012) :
    La délimitation des espèces : hypothèses sur la structure et les causes de la biodiversité

  •  Main Teaching activities

  • Courses
    Co-coordinator of the PhD course “Mécanismes de l’évolution”
    Co-coordinator of the PhD course“Taxonomie moléculaire et barcode ADN"
    Present PhD students :

    Sophie Bary (2013-2016), co-supervisor with Anouk Barberousse
    Hsin Lee (2013-2016), co-supervisor with Wei-Jen Chen
    Perinne Mandon (2013-2017), co-supervisor withStéphane Hourdez

    Past PhD students :

    Claire Calmet (1999-2002) ; Jawad Abdelkrim (2002-2005) ; Nicolas Puillandre (2005-2008) ; Julien Lorion (2005-2008) ; Magalie Castelin, (2006-2010). Justine Thubaut, (2009-2012). Ariane Le Gros (2011-2014)

  •  Publications list

  • Acessible through Scholar.Google

    Publications in French
    - Collot, J., Patriat, M., Rouillard, P., Samadi, S., Gardes, L., Pelletier, B., & Loubersac, L. 2014. Géodiversité sous-marine de la Nouvelle-Calédonie ; 2ème partie. Tai Kona, (10), 24-37.

    - Barberousse A, Samadi S. 2014. La taxonomie et les collections d’histoire naturelle à l’heure de la sixième extinction. In : La biodiversité en question. Enjeux philosophiques, éthiques et scientifiques (E. Casetta & J Delors eds). Pp 155-182. Editions Matériologiques.

    - Barberousse A, Samadi S. (2013). La taxonomie dans la tourmente. Revue d’anthropologie des connaissances, 7(2), 411-431.

    - Pompanon F & Samadi S (coords). 2013. Caractériser la diversité du vivant. in Faure D, Joly D, Salamitou S (eds.) Génomique Environnementale : une prospective de l’Institut Ecologie et Environnement. CNRS, 96 pages. P43-52.

    - Samadi S. 2012. L’espèce doit changer ! Biofutur. 328 : 39-42.

    - Samadi S. 2012. Taxonomie intégrative. Biofutur : 328 : 38 :

    - David P, Samadi S. 2011. La théorie de l’Evolution : une logique pour la biologie. Nouvelle Edition revue et augmentée. Coll. Champs-Université. Flammarion, Paris, 354 pages.

    - Barberousse A, Bierne N, Britton-Davidian J, Capy P, Desdevises Y, Giraud T, Jousselin E, Moulia C, Smadja C, Ravigné V and Samadi S. 2010. Chapitre 4 - La spéciation (dir. V. Ravigné). In : Biologie Evolutive (Thomas, F, Lefèvre, T, Raymond De Boeck, M, eds, 2010). Pp 79-122.

    - Samadi S. 2009. Les mécanismes de l’évolution. In : Pierre Léna, Yves Quéré et Béatrice Salviat, eds. 29 notions-clés pour savourer et faire savourer la science. Paris : Le Pommier.

    - Samadi S. 2009. Campagnes de deuxième génération : la faune des bois coulés. Xenophora. 126:52-53 . (bilingue)

    -  Samadi S, Barberousse A. 2009. L’espèce selon Darwin, l’espèce aujourd’hui. In : Les mondes darwiniens (Lecointre, G, Silberstein, M, eds). Editions Syllepse. Pp 155-174

    - Barberousse A, Samadi S. 2009. Pourquoi et comment formaliser la théorie de l’évolution ? In : Les mondes darwiniens (Lecointre, G, Silberstein, M, eds). Editions Syllepse. . Pp 245-264.

    - Samadi S. 2008. Les mécanismes de l’évolution. In : Pol D and Wilgenbus D, eds. Graines de Sciences N°9. Paris : Le Pommier. 105-131.

    - Samadi S. 2008. Les concepts, méthodes et techniques de l’alpha taxonomie face aux questions de conservation. Biosystema. 25:101-110

    - Samadi S. 2007. Les pratiques de l’alpha-taxonomie dans le contexte du projet Barcode of Life. Bulletin de la Société Zoologique de France. 132:269-280.

    - Samadi S. et A Barberousse. 2005. L’arbre, le réseau et les espèces. Une définition du concept d’espèce ancrée dans la Théorie de l’Evolution. Biosystema. 24:53-62.

    - David P, Samadi S. 2000. La théorie de l’Evolution : une logique pour la biologie. Coll. Champs-Université. Flammarion, Paris, 312 pages.


    Publications in english

    - Marshall BA, Puillandre N, Lambourdière J, Couloux A, Samadi S. Deep-sea wood-eating limpets of the genus Pectinodonta Dall, 1882 (Mollusca : Gastropoda : Patellogastropoda : Pectinodontidae) from the tropical West Pacific. Mémoires du Museum National d’Histoire Naturelle,in press.

    - Le Gros, Ariane, Sarah Samadi, Dario Zuccon, Raphaël Cornette, Michael P. Braun, Juan Carlos Senar, and Philippe Clergeau, ‘Rapid Morphological Changes, Admixture and Invasive Success in Populations of Ring-Necked Parakeets (Psittacula Krameri) Established in Europe’, Biological Invasions, 2016 <http://dx.doi.org/10.1007/s10530-01...>

    - Aznar-Cormano, L., J. Brisset, T.-Y. Chan, L. Corbari, N. Puillandre, J. Utge, M. Zbinden, D. Zuccon, and S. Samadi, ‘An Improved Taxonomic Sampling Is a Necessary but Not Sufficient Condition for Resolving Inter-Families Relationships in Caridean Decapods’, Genetica, 143 (2015), 195–205 <http://dx.doi.org/10.1007/s10709-01...>

    - Barberousse, Anouk, and Sarah SamadiI, ‘Formalising Evolutionary Theory’, in Handbook of Evolution Thinking in the Sciences, ed. by T. Heams and others (Springer, (2015), pp. 229–46

    - Barberousse, Anouk, and Sarah Samadi, ‘Species’, in Handbook of Evolutionary Thinking in the Sciences (Springer Netherlands, (2015), pp. 141–157

    - Pante, E, J Abdelkrim, A Viricel, D Gey, S C France, M C Boisselier, and S Samadi, ‘Use of RAD Sequencing for Delimiting Species’, Heredity, 114 (2015), 450–59 http://dx.doi.org/10.1038/hdy.2014.105

    - Pante, Eric, Nicolas Puillandre, Amelia Viricel, Sophie Arnaud-Haond, Didier Aurelle, Magalie Castelin, Anne Chenuil, Christophe Destombe, Didier Forcioli, Myriam Valero, Frederique Viard, and Sarah Samadi, ‘Species Are Hypotheses : Avoid Connectivity Assessments Based on Pillars of Sand’, Molecular Ecology, 24 (2015), 525–544

    - Pante, Eric, Scott C. France, Delphine Gey, Corinne Cruaud, and Sarah Samadi, ‘An Inter-Ocean Comparison of Coral Endemism on Seamounts : The Case of Chrysogorgia’, Journal of Biogeography, 42 (2015), 1907–1918 http://dx.doi.org/10.1111/jbi.12564

    - Pompanon, Francois, and Sarah Samadi, ‘Next Generation Sequencing for Characterizing Biodiversity : Promises and Challenges’, Genetica, 143 (2015), 133–38 http://dx.doi.org/10.1007/s10709-01...

    - Samadi S, Puillandre P, Boisselier MC, Chen WJ, Corbari L, Maestrati P, Mana R, Pante E, Thubaut J, Zuccon D, Hourdez S. (2014) Patchiness of deep-sea communities in Papua New Guinea and potential susceptibility to anthropogenic disturbances illustrated by seep organisms. Marine Ecology an Evolutionary perspective, 36 (2015), 109-132. http://dx.doi.org/10.1111/maec.12204

    Pante, E, J Abdelkrim, A Viricel, D Gey, S C France, M C Boisselier, and S Samadi, ‘Use of RAD Sequencing for Delimiting Species’, Heredity, 114 (2015), 450–59 <http://dx.doi.org/10.1038/hdy.(20...>

    - Aznar-Cormano, L., J. Brisset, T.-Y. Chan, L. Corbari, N. Puillandre, J. Utge, M. Zbinden, D. Zuccon, and S. Samadi,(2015)‘An Improved Taxonomic Sampling Is a Necessary but Not Sufficient Condition for Resolving Inter-Families Relationships in Caridean Decapods’, Genetica, 2015, 1–11

    - Pante, Eric, Scott C. France, Delphine Gey, Corinne Cruaud, and Sarah Samadi, ‘An Inter-Ocean Comparison of Coral Endemism on Seamounts : The Case of Chrysogorgia’, Journal of Biogeography, 42 (2015), 1907–18 http://dx.doi.org/10.1111/jbi.12564

    - Pante, Eric, Jawad Abdelkrim, Amélia Viricel, Delphine Gey, SC France, Marie-Catherine Boisselier, and Sarah Samadi, ‘Use of RAD Sequencing for Delimiting Species’, Heredity, (2014).

    - Ceccarelli DM, McKinnon AD, Andréfouët S, Allain V, Young J, Gledhill DC, Flynn A, Bax NJ, Beaman R, Borsa P, Brinkman R, Bustamante RH, Campbell R, Cappo M, Cravatte S, D’Agata S, Dichmont CM, Dunstan PK, Dupouy C, Edgar G, Farman R, Furnas M, Garrigue C, Hutton T, Kulbicki M, Letourneur Y, Lindsay D, Menkes C, Mouillot D, Parravicini V, Payri C, Pelletier B, Richer de Forges B, Ridgway K, Rodier M, Samadi S, Schoeman D, Skewes T, Swearer S, Vigliola L, Wantiez L, Williams A, Williams A, Richardson AJ. 2013. The coral sea : physical environment, ecosystem status and biodiversity assets. Advances in marine biology, 66, 213-290.

    - Thubaut J, Puillandre N, Faure B, Cruaud C, Samadi S. 2013. The contrasted evolutionary fates of deep-sea chemosynthetic mussels (Bivalvia, Bathymodiolinae). Ecology and Evolution. DOI : 10.1002/ece3.749

    - Thubaut J, Corbari L, Gros O, Duperron S, Couloux A, Samadi S. 2013. Integrative Biology of Idas iwaotakii (Habe, 1958), a ‘Model Species’ Associated with Sunken Organic Substrates. PLoS ONE 8 : e69680.

    - Lecointre G, Améziane N, Boisselier MC, Bonillo C, Busson F, Causse R, Chenuil A, Couloux A, Coutanceau JP, Cruaud C, d’Udekem d’Acoz C, De Ridder C, Denys G, Dettaı A, Duhamel G, Eléaume M, Feral JP, Gallut C, Havermans C, Held C, Hemery L, Lautredou AC, Martin P, Ozouf-Costaz C, Pierrat B, Pruvost P, Puillandre N, Samadi S, Saucede T, Schubart C, David B. 2013. Is the Species Flock Concept Operational ? The Antarctic Shelf Case. PLoS ONE 8 : e68787.

    - Castelin M, Lorion J, Utge J, Maestrati P, Cruaud C, Samadi S. 2012. Speciation patterns in highly dispersive gastropods from deep-sea seamounts. Molecular Ecology. 21 : 4828-4823.

    - Lorion J, Halary S, do Nascimento J, Samadi S, Couloux A, Duperron S. 2012. Evolutionary history of Idas sp. Med, (Bivalvia : Mytilidae), a cold seep mussel bearing multiple symbionts. Cahiers de Biologie Marine. 53:77-87.

    - Pante E, Corbari L, Thubaut J, Chan TY, Mana R, Boisselier MC, Bouchet P, Samadi S. 2012. Exploration of the deep-sea fauna of Papua New Guinea. Oceanography. 25 : 214-225..

    - Pante E, France SC, Couloux A, Cruaud C, McFadden CS, Samadi S, Watling L. 2012. Deep-sea origin and in-situ diversication of chrysogorgiid octocorals. PlosOne. 7 : e38357. doi:10.1371/journal.pone.0038357.

    - Perez M, Leblois R, Bour R, Lambourdière J, Samadi S, Boisselier M-C. 2012. Fine scale genetic study of the marginated tortoise complex in Greece and Sardinia. Biological journal of the linnean society. 105:591–606.

    - Puillandre N, Bouchet P, Boisselier-Dubayle MC, Brisset J, Buge B, Castelin M, Chagnoux S, Christophe T, Corbari L, Lambourdière J, Lozouet P, Marani G, Rivasseau A, Silva N, Terryn Y, Tillier S, Utge J, Samadi S. 2012. New taxonomy and old collections : integrating DNA barcoding into collections curation processes. Molecular Ecology Ressources. 12 : 396-402.

    - Puillandre N, Modica MV, Zhang Y, Sirovich L, Boisselier MC, Cruaud C, Holford M, Samadi S. 2012. Large Scale Species Delimitation Method for Hyperdiverse Groups. Molecular Ecology. 21 : 2671-269.

    - Zuccon D, Brisset J, Corbari L, Puillandre N, Samadi S. 2012. Optimized protocol for barcoding museum collections of Decapoda crustaceans : a case-study for a 10-40 years old collection. Invertebrate Systematics 26 : 592–600.

    - Castelin M, Puillandre N, Lozouet P, Sysoev A, Richer de Forges B, Samadi S. 2011. Patterns of species richness and endemism of mollusks on seamounts and slopes : disentangling sampling biases, taxonomic impediment and biological factors. Deep-Sea Research Part I. 58 : 637-646.

    - Dettai A, Adamowizcb SJ, Allcock L, Arangoe CP, Barnes DK, Barratt I, Chenuil A, Couloux A, Cruaud C, David B, Denis F, Denys G, Díaz A, Eléaume M, Féral J-P, Froger A, Gallut C, Grant R, Griffiths HJ, Held C, Hemery LG, Hosie G, Kuklinski P, Lecointre G, Linse K, Lozouet P, Mah C, Monniot F, Norman MD, O’Hara T, Ozouf-Costaz C, Piedallu C, Pierrat B, Poulin E, Puillandre N, Riddle M, Samadi S, Saucède T, Schubart C, Smith PJ, Stevens DW, Steinke D, Strugnell JM, Tarnowska K, Wadleyn V, Ameziane N. 2011. DNA Barcoding and molecular systematics of the benthic and demersal organisms of the CEAMARC survey. Polar Science. 5:298-302.

    - Hoyoux C, Zbinden M, Samadi S, Gaill F, Compère Ph. 2011. Diet and gut microorganisms of Munidopsis squat lobsters associated with natural woods and mesh-enclosed substrates in the deep South Pacific. Marine Biology Research. 8 : 28-47.

    - Puillandre N, Macpherson E, Lambourdière J, Cruaud C, Couloux A, Boisselier-Dubayle M-C Samadi S. 2011. Barcoding type specimens helps to identify synonyms and an unnamed new species in Eumunida Smith, 1883 (Decapoda : Eumunididae). Invertebrate Systematics. 25:322-333.

    - Barberousse A, Samadi S. 2010. Species from Darwin onward. Integrative zoology. 5 : 187-197

    - Boisselier-Dubayle MC, Leblois R, Samadi S, Lambourdière J, Khodabux MI, Sarthou C. 2010. Population structure of the Bromeliaceae Pitcairnia geyskesii from the French Guianan inselbergs : possible implications on past history of rainforests. Ecography. 33 : 175-184.

    - Castelin M, Lambourdière J, Boisselier MC, Lozouet P, Couloux A, Cruaud C, Samadi S. 2010. Hidden diversity and endemism on seamounts : focus on poorly dispersive neogastropods. Biological Journal of the Linnaean Society. 100 : 420–438.

    - Girod C, Tollon-Cordet C, Pfunder M, Sarrazin E, Samadi S, Boisselier-Dubayle M-C, Lambourdière J, Riéra B, Leblois R, Sarthou C, Charles-Dominique P, Fréville H. 2010. Permanent Genetic Resources added to Molecular Ecology Resources Database 1 April 2010 – 31 May 2010. Astrocaryum sciophilum, 11 primers developed. Molecular Ecology Resources 10 : 1098-1105.

    - Lorion J, Buge B, Cruaud C, Samadi S. 2010. New insights into diversity and evolution of deep-sea Mytilidae (Mollusca : Bivalvia). Molecular Phylogenetics and Evolution. 57 : 71–83.

    - Lorion J, Samadi S. 2010. Relative richness of Idas-like and Bathymodiolinae mussels : phylogenetic implications. Cahiers de Biologie Marine. 51 : 435-439.

    - Macpherson E, Richer de Forges B, Schnabel K, Samadi S, Boisselier MC and Garcia-Rubies A. 2010. Biogeography of the deep-sea galatheid squat lobsters of the Pacific Ocean. Deep Sea Research Part I. 57:228–238.

    - Samadi S, Corbari L, Lorion, J. Hourdez S, Haga T, Dupont J, Boisselier M-C, Richer de Forges B. 2010. Biodiversity of sunken-woods associated organisms. Cahiers de Biologie Marine. 51:459-466.

    - Sigwart J D, Schwabe E, Saito H, Samadi S, Giribet G 2010. Evolution in the deep sea : a combined analysis of the earliest diverging living chitons (Mollusca, Polyplacophora, Lepidopleurida). Invertebrate Systematics. 24:560-572

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