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NICOLAS Violaine

Maitre de conférence au Muséum National d’Histoire Naturelle, HDR
ISYEB - UMR 7205 - CNRS, MNHN, UPMC, EPHE
Sorbonne Universités
Equipe E.V.E.E. : Evolution, Variabilité, Extinction, Environnement

57 Rue Cuvier - CP 51
F-75005 Paris, France
☏ : 01.49.79.35.05
Contact :vnicolas’at’mnhn.fr


Axes de recherche

- Systématique
- Biologie évolutive
- Phylogéographie
- Ecologie
- Conservation de la biodiversité


Mes travaux ont pour but de mieux comprendre les facteurs ayant conduit à la diversification des petits mammifères (rongeurs et musaraignes) en Afrique. Du point de vue méthodologique je me base sur la construction de phylogénies moléculaires, ainsi que des analyses morphométriques et phylogéographiques.

La construction de phylogénies moléculaires me permet de dater les principaux évènements de divergence au niveau intra et inter-spécifique.

La comparaison des résultats obtenus pour plusieurs modèles me semble particulièrement pertinente car elle devrait à terme permettre de voir s’il existe une certaine congruence dans les dates des principaux évènements de divergence. Nous pourrons ainsi relier ces évènements de divergence à ce que l’on connaît des changements paléo-environnementaux, ce qui permettra de tester les hypothèses sur les processus de spéciation.


Les analyses morphométriques viennent en complément des analyses moléculaires et sont indispensables aux travaux de révision systématique. La description des espèces passant nécessairement par une comparaison avec les spécimens types ; or cette comparaison reste dans la grande majorité des cas uniquement réalisable sur base de la morphologie.

De plus les analyses morphométriques me permettent de quantifier le rôle de la phylogénie et de divers facteurs environnementaux (climat, habitat, latitude, longitude....) sur la morphologie crânienne.


Liste des publications récentes

- Stoetzel E., Cornette R., Lalis A., Nicolas V., Cucchi T. & Denys C. (2017). Systematics and evolution of the Meriones shawii/grandis complex (Rodentia, Gerbillinae) during the Late Quaternary in northwestern Africa : Exploring the role of environmental and anthropogenic changes. Quaternary Science Reviews 164 : 199-216.

- Hudson L.N., Newbold T., Contu S., Hill S.L.L., Lysenko I., De Palma A….. Nicolas V….. et al. (2017). The database of the PREDICTS (Projecting Responses of Ecological Diversity In Changing Terrestrial Systems) Project. Ecology and Evolution 7(1) : 145-188.

- Bryja J., Sumbera R., Kerbis Peterhans J.C., Aghova T., Bryjova A., Mikula ON., Nicolas V., Denys C. & Verheyen E. (2017). Evolutionary history of the thicket rats (genus Grammomys) mirrors the evolution of African forests since late Miocene. Journal of Biogeography 44 : 182-194.

- Ohler A., Nicolas V. (2017). What frog’s leg do froggies eat ? The use of DNA barcoding for identification of deep frozen frog legs (Dicroglossidae, Amphibia) commercialized in France. European Journal of Taxonomy 271 : 1-19.

- Dianat M., Darvish J., Cornette R., Aliabadian M. & Nicolas V. (2017). Evolutionary history of the Persian Jird, Meriones persicus, based on genetics, species distribution modelling and morphometric data. Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research 55(1) : 29-45.

- Guimaraes S., Pruvost M., Daligault J, Stoetzel E., Côté N.M.-L., Bennett E.A., Nicolas V., Lalis A., Denys C., Geigl E.-M., Grange T. (2017). A cost-effective high-throughput metabarcoding approach powerful enough to genotype 44,000 year-old rodent remains from Northern Africa. Molecular Ecology Resources. 17(3) : 405-417.

- Nicolas V., Martinez-Vargas J. & Hugot J. P. (2017). Molecular data and ecological niche modelling reveal the evolutionary history of the common and Iberian moles (Talpidae) in Europe. Zoologica scripta 46(1) : 12-26.

- Pagès M., Fabre P.-H., Mortelliti A., Nicolas V., Wells K., Michaux J., Lazzari V. (2016). Molecular phylogeny of Southeast Asian arboreal murine rodents. Zoologica scripta 45(4) : 349-364.

- Lalis A., Leblois R., Stoetzel E., Benazzou T., Souttou K., Denys C., Nicolas V. (2016). Phylogeography and demographic history of Shaw’s Jird (Meriones shawii complex) in North Africa. Biological Journal of the Linnean Society 118(2) : 262-279

- Missoup A.D., Nicolas V., Eseib S., Keming Chung E. & Denys C. (2016). Phylogenetic position of the endemic Mount Oku Rat, Lamottemys okuensis (Rodentia : Muridae), based on molecular and morphological data. Zoological Journal of the Linnean Society 177:209-226

- Khaldi M., Ribas A., Barech G., Hugot J.P., Benyettou M., Albane L., Arrizabalaga A., Nicolas V. (2016). Molecular evidence reveals recent anthropogenic introduction of the Algerian Hedgehog Atelerix algirus in Spain, Balearic Islands and the Canaries from North Africa. Mammalia 80(3) : 313-320

- Lalis A., Leblois R., Liefried S., Ouarour A., Beeravolu C., Michaux J., Hamani A., Denys C., Nicolas V. (2016). New molecular data favour an anthropogenic introduction of the wood mouse (Apodemus sylvaticus) in North Africa. Zoological Journal of Systematic and Evolutionary Research 54(1) : 1-12

- Bohoussou K.H., Cornette R., Akpatou B., Colyn M., Kerbis Peterhans J., Kennis J., Šumbera R., Verheyen E., N’Goran E., Katuala P., Nicolas V. (2015). The phylogeography of the rodent genus Malacomys suggests multiple Afrotropical Pleistocene lowland forest refugia. Journal of Biogeography 42 : 2049-2061.

- Nicolas V., Martinez-Vargas J. & Hugot J. P. (2015). Preliminary note : .Talpa Aquitania nov. sp. (Talpidae, Soricomorpha) a new mole species from wouthwest France and north Spain. Bulletin de l’Académie Vétérinaire de France 168(4) : 1-4..

- Jacquet F., Denys C., Verheyen E., Bryja J., Hutterer R., Kerbis Peterhans J.C., Stanley, W.T., Goodman S., Couloux A., Colyn M., Nicolas V. (2015). Phylogeography and evolutionary history of the Crocidura olivieri complex (Mammalia, Soricomorpha) : from a forest origin to broad ecological expansion across Africa. BMC Evolutionary Biology 15 : 71.

- Ceriaco L., Marques M., Jacquet F., Nicolas V., Colyn M., Denys C., Sardinha P., Bastos-Silveira C. (2015). Description of Crocidura fingui, a new endemic species of shrew (Mammalia, Soricomorpha) from Príncipe Island (Gulf of Guinea). Mammalia 79(3) : 325-341.

- Nicolas V., Mataame A., Crochet P.A., Geniez P., Ohler A.M. (2015). Phylogeographic patterns in North African water frog Pelophylax saharicus (Anura : Ranidae). Zoological Journal of Systematics and Evolutionary Research 53(3) : 239-248.

- Nicolas V., Grandcolas P., Braux F., Jourdan H., Malau A., Couloux A. & Ohler A (2015). Recent species in old Islands : the origin of introduced populations of Litoria aurea (Anura : Hylidae) in New Caledonia and Wallis. Amphibia-Reptilia 36 : 65-81.

- Bohoussou H. K., Akpatou B. K., Kadjo B., Soulemane O., N’Goran E. K., Nicolas V. (2014). Morphometric variation in the forest rodent Malacomys edwardsi (Rodentia : Muridae) in Côte d’Ivoire. Journal of Applied Biosciences 80 : 7014-7023.

- Hugot J.-P., Gu S. H., Feliu C., Ventura J., Ribas A., Dormion J., Yanagihara R., Nicolas V. (2014). Genetic diversity of Talpa europea and nova hantavirus (NVAV) in France. Bulletin de l’Académie Vétérinaire de France 167(3) : 1-8.

- Denys C., Missoup A. D., Nicolas V., Fülling O., Delapré A., Bilong Bilong C. F., Taylor P. J. J., Hutterer R. (2014). African highlands as mammal diversity hotspots : New records of Lamottemys okuensis (Rodentia : Muridae) and other endemic rodents from Mt Oku, Cameroon. Zoosystema 36(3) : 647-690.

- Vences M., de Pous P., Nicolas V., Díaz-Rodríguez J., Donaire D., Hugemann K., Hauswaldt, J. S., Amat F., Barnestein J. A. M., Bogaerts S., Bouazza A., Carranza S., Galán P., de la Vega J. P. G., Joger U., Lansari A., El Mouden E. H., Ohler A., Sanuy D., Slimani T., Tejedo M. (2014). New insights on phylogeography and distribution of Painted frogs (Discoglossus) in northern Africa and the Iberian Peninsula. Amphibia-Reptilia 35:305-320.

- Taylor P.J., Maree S., Cotterill F. P. D., Missoup A. D., Nicolas V. & Denys. C. (2014). Molecular and morphological evidence for a Pleistocene radiation of laminate-toothed rats (Otomys : Rodentia) across a volcanic archipelago in equatorial Africa. Biological Journal of the Linnean Society 113 : 320–344.

- Gu S. H., Lim B. K., Kadjo B., Arai S., Kim J.-A., Nicolas V., Lalis A., Denys C., Cook J. A., Dominguez S. R., Holmes K. V., Urushadze L., Sidamonidze K., Putkaradze D., Kuzmin I. V., Kosoy M. Y., Song J. W., Yanagihara R. (2014). Molecular phylogeny of hantaviruses harbored by insectivorous bats in Côte d’Ivoire and Vietnam. Viruses 6 : 1897-1910.

- Nicolas V., Souttou K., Gouissem K., Doumandji S. & Denys C. (2014). First molecular evidence for the presence of Gerbillus latastei (Rodentia, Muridae) in Algeria. Mammalia 78(2) : 267-271.

- Jacquet F., Nicolas V., Colyn M., Kadjo B., Hutterer R., Akpatou B., Cruaud C. & Denys C. (2014). Forest refugia and riverine barriers promote diversification in the West African pygmy shrew (Crocidura obscurior complex, Soricomorpha). Zoologica Scripta 43(2) : 131-148.

- Nicolas V., Hamani A., Amrouche L., Bensidhoum M., Boukhemza M., Doumandji S. & Denys C. (2014). First molecular evidence for the presence of Crocidura pachyura (Mammalia, Soricidae) in Kabylie (Algeria). Mammalia 78(2) : 245-249.

- Nicolas V., Ndiaye A., Benazzou T., Souttou K., Delapre A. & Denys C. (2014). Phylogeography of the North African dipodil (Rodentia : Muridae) based on cytochrome-b sequences. Journal of Mammalogy 95(2) : 241-253.

- Jacquet F., Hutterer R., Nicolas V., Decher J., Colyn M., Couloux A. & Denys C. (2013). A new status for two African giant forest shrew Crocidura goliath goliath and Crocidura goliath nimbasilvanus (Mammalia : Soricomorpha), based on molecular and geometric morphometric analyses. African Zoology 48(1) : 13-29.

- Olteanu M., Nicolas V., Schaeffer B., Denys C., Kennis J., Missoup A.D. & Larédo C. (2013). Non-linear projection methods for visualizing Barcode data and application on two data sets. Molecular Ecology Ressources 13(6) : 976-990.

- Gu S. H., Nicolas V., Lalis A., Sathirapongsasuti N. & Yanagihara R. (2013). Complete genome sequence and molecular phylogeny of a newfound hantavirus harbored by the Doucet’s musk shrew (Crocidura douceti) in Guinea. Infection, Genetics and Evolution 20 : 118-123.

par Violaine Nicolas - publié le , mis à jour le